王辅臣被搞定了，耿精忠却还在蹦跶。他的思路是占领江西，跟吴三桂在湖南的大军连成一片，继而占领浙江，控制东南沿海地区，在长江下游地区，与吴三桂所占据的长江中游，成犄角之势。
如果耿精忠的部队进入江西、浙江，与吴三桂会师，将会使清军处于极其被动的地位。康熙帝命清军死守各战略要地，一定要挡住耿军，使之不得入江浙。
算起来，耿精忠自康熙十三年三月起兵叛清，至年底，已连续攻占江浙二十余城。清军援兵陆续赶到，分占南昌、杭州、衢州、吉安、袁州、九江、金华、广信、饶州、建昌、萍乡等各战略要地。双方围绕着这些据点，展开拼死争夺，均是伤亡惨重。清军虽未能阻止耿军进入江浙，却减缓了其猛烈的攻势，使之最终未能进入湖南。吴三桂虽占领了联结江西与湖南的萍乡、吉安等要地，但始终无法与耿军会师。
康熙十四年，耿军与清军的交战愈演愈烈。年前，康熙帝已命康亲王杰书、将军希尔根分别由浙江、江西作速进剿闽境，命平南王尚可喜派部队克复潮州后，即发兵救援困守在漳浦的海澄公黄芳度。黄被台湾郑经的军队打得毫无还手之力。
大陆已经够乱的了，要是台湾郑氏再掺和进来，那就更麻烦了。而要不让郑氏在大陆立足，就需要尽快平定福建。
清军开始进行反攻，除了解决福建，还要收复江浙失地。
江西吉安就像一块肥肉，馋得耿精忠直流口水，他一直没有放弃占有的打算。该郡万安县（今仍名），是“赣南水陆咽喉之地，贼寇出没靡常”。康熙十四年正月，清军先在这里给了叛军一顿痛击，而后双方不断展开拉锯战。
在此期间，浙江战场，双方也是打得难分难解。
江西的局势，虽有反复，但从五月下旬开始，清军逐步取得优势。
但敢于造反的，从来就没有省油的灯。清军攻克建昌后，本欲扫荡盘踞在建昌附近的叛军，于六月二十五日攻取石峡（建昌东，靠近福建省）。但因天气炎热，人困马乏，加上一连取得的胜利，让他们大意起来，以致中了耿军埋伏。全军损失惨重，只得退回新城。福建方面，清廷的海澄公黄芳度，仍坚守城池，台湾郑氏大军已猛攻一月有余。康熙十四年十一月二十日城破，黄芳度全家遇害，漳州也被郑军攻占。
清军虽不断有损失，但从整个战局来看，对他们还是比较有利的。战局有利，康熙帝的胃口也被吊了起来。他想彻底解决掉福建，以便早日与吴三桂决战。他试着向耿精忠发出了招抚的信息。康熙十四年八月二十三日，兵部报告：安亲王岳乐已遵圣旨，曾派陈廉前往福建再次劝告耿精忠接受朝廷招抚。
此一时，彼一时，耿被打疼了，也学得乖巧，这次他不但没有扣留使者，还送了银两和衣服，放其回来。并捎话说：我原本就是被总督范承谟逼反，并非真心要和朝廷作对，此番我愿意归顺，只是我的部下们，还很有顾虑，怕被追究，在清朝，我已是王爷，地位无以复加，我还有什么不满的，还有什么要追求的。范总督我并没有杀他，就是要留着他，来日见到皇上，与他当面对质。兵部分析耿精忠的话，认为“回答言语，并无悖谬之词，似有悔罪之心”。因此建议，继续招抚，可让其弟耿聚忠捧奉皇帝敕谕发往浙江康亲王杰书处，再商酌派人转送福建，重申朝廷已宽免其弟耿聚忠、耿昭忠及族中官员，一切亲属及耿精忠属下官兵之罪，向耿精忠“明白晓谕招抚”，促其投诚。看了兵部的报告，康熙帝当天就批复“依议速行”。
次日，康熙帝向耿精忠颁发一道敕谕。诏书由耿精忠之弟耿聚忠带往浙江。耿聚忠到了杭州，与杰书商定后，亲自去见耿精忠。不料行至衢州，耿精忠却拒不接纳。
耿精忠不傻，朝廷的过于宽厚与心急，反倒让他生疑。他虽屡受打击，但还未到山穷水尽之时，所以他还要再观望观望。
对于耿精忠的态度，康熙帝还是有思想准备的，平叛从来就不是一朝一夕的事。拒绝招抚，他就继续派援军，增强福建清军的实力。
在清军的不断打击下，耿军日子越来越难过，为了补充给养，他们甚至开始劫掠老百姓。一个政权的基础便是百姓，做这等欺负百姓，伤天害理之事，只能加快自己的垮台。如此乱象，耿集团内部不少人士，也开始做好为自己留退路的打算。总兵张存率八千人马，驻扎顺昌，开始不听调遣。总兵罗元生统兵固守，邵武总兵彭世勋等按兵不动。他们已暗通清军，表示愿作内应。
康熙十五年（1676年）二月，傅喇塔誓师黄岩向温州进军，一路所向披靡。到达温州地区时，遭到曾养性的顽强抵抗。他凭江固守，竟然撑了数月。
康熙帝命李之芳部固守衢州、金华，傅喇塔继续进攻温州、处州。康亲王杰书从金华移师衢州，进攻福建。
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