当吴军与清军在正面战场对峙之时，左翼与右翼两个战场，双方则打得难解难分。
吴三桂曾试图打通与耿、王两部的交通线，使反清势力连成一片。但康熙帝看出了他的意图，派大军分别在江西、浙江、陕西、甘肃等地阻击吴军，使吴三桂、耿精忠、王辅臣始终未能会师。
相对于左翼，右翼的西部战场更加靠近京城。陕甘地区为西北边防重地，直接关系到北京的安全。对于这个心腹之患，康熙帝以恩威并用、剿抚结合的手段，试图尽快平息王辅臣的叛乱。除去这个卧榻旁的猛虎，清廷就可以腾出手来对付吴三桂。
康熙十四年底，宁夏兵变，提督陈福被害后，陕甘的形势更显紧迫。康熙帝认为陕西的叛乱，根子还是出在王辅臣的身上，只有攻陷他的老巢平凉，才能彻底解决这个问题。
康熙帝在招抚失败后，下决心以武力解决问题。他认为，“欲平陕西诸寇，必先取秦州。”秦州（甘肃天水）位于兰州、巩昌（甘肃陇西）、平凉、汉中等战略要地之间，靠近陕西。只要能夺取秦州，就能切断叛军之间的联系，从而使清军握有主动权。
秦州城高墙厚，要打下它，必须靠火力凶猛的红衣大炮。康熙帝命都统海尔图等，率兵护送红衣大炮至秦州。康熙十四年三月四日，“定西大将军”多罗贝勒董鄂率大军将秦州包围。城内叛军在一万人左右，围城的清军大约有两万人。围城半月，四月二十日，从四川、平凉来救援的叛军万余人，与城内被困的部队里应外合，向清军展开攻势。清军靠着火力上的优势，将叛军击溃。其后，双方又屡有激战，但叛军始终未能击溃清军。战斗呈焦灼状时，清军总兵孙思克率部奉命从巩昌前来增援。这支部队起了决定性的作用，胜利的天平，压向清军一方。城内的叛军，战斗意志崩溃，在总兵陈万策的带领下，出城投降。增援秦州的四川和平凉的叛军及城内的将领巴三纲等一并逃走。收复秦州后，董鄂即遣“振武将军”佛尼勒、内大臣坤巴图鲁、总兵孙思克乘胜追击，一举收复了秦州附近的礼县、清水（今仍名）、伏羌（甘谷）、西和等县城。
收复秦州后，康熙帝派一部分清军开赴栈道，增援汉中。另一部开赴平凉南的陇州（陕西陇县）守卫。都统海尔图等护送红衣大炮，向平凉进发。
失去秦州，王辅臣大感震惊，急忙将兵力收缩至平凉固守。除平凉外，叛军还占据庆阳、定边、固原、延安、兰州等处，但基本属于孤立无援的状态。
在清军围困秦州的同时，已向兰州、巩昌叛军发动进攻。康熙十四年五月，西宁总兵王进宝部包围了兰州。兰州为“河西五郡咽喉”，叛军拼死防守。一个月来，清军数度将冲出城的叛军击溃，清军自身也伤亡惨重。因后勤补给通道被切断，叛军造木筏百余只，企图渡黄河突围。王进宝在黄河岸边埋下伏兵，叛军未能逃出。王进宝与布政按察使伊图派人到城下，宣谕朝廷的招抚政策，承诺如投降，即赦免一切过犯。叛军走投无路，六月二十七日，在总兵赵士升及原任布政使成额带领下，共计五千余人出城投降。
张勇亲自率部队包围了巩昌，王辅臣急派副将任国治等率三千人，由巩昌东门潜入城内增援。与原城内守军合兵一处，共计万余人，分四门杀出，直奔清军大营。城上城下炮声隆隆，激战中，双方都有不少人死于对方及己方的炮火下，清军游击张大选追至城下，中炮而死。
六月二十五日，“安西将军”穆占、总兵孙思克赶到巩昌增援，将城池团团围住。清军派已投降的陈万策、谢辉等人入城，宣谕康熙帝的赦免诏。叛军总兵陈科等率部出降。
六月二十九日，“平逆将军”都统毕力克图攻占延安，及延安府下辖的肤施、保安、安塞、宜川、延长、安定等县。陕甘边界重镇定边，也于六月初被清军收复。
清廷一边不断给西北叛军在军事上给予打击，一边加紧对王辅臣的招抚。康熙帝知道王不敢降，怕被秋后算账。于是在七月，给其发去一道敕谕，为其宽心。
数日后，王辅臣回奏康熙，仍称康熙为“皇上”，表现得很是恭谨。奏疏称：“皇上念及兵民，概从赦宥，但如何安抚，天语未及。在事兵将，未免瞻顾。”
王辅臣的这份奏疏，无疑是投石问路，康熙看出他已有降意，只是对朝廷的承诺还是不放心。鉴于王辅臣以往的反复，康熙帝并不急于再给他承诺，他深知“抚”的前提是，要拿得住对方的死穴。现在给他再好的保证，都不如军事上再来一次痛击，这样以后的思想工作就好做了。
康熙帝下令张勇、董鄂诸将，速行攻取平凉。同时，尽快破固原，以便夹攻平凉。但就在此时，兴安游击王可成等复叛，总兵党塞与道臣兴永朝开赴西安，将军席卜臣率部离汉中，不知去向。不久，得到席卜臣报告：因军粮告急，被迫离开汉中，于八月六日至西安。而兴安叛军已与四川叛军会师，攻破旧县关，直逼西安。南山“群盗”又从各处杀出。形势可谓急转直下。
形势的突变，令人猝不及防。康熙帝下诏严厉责备陕西总督哈占及诸将领，随后命令“诸将当益急攻平凉，勿得稍缓”。为保证攻取平凉，他令驻守榆林的土默特、鄂尔多斯兵“速赴西安”。
在康熙帝的严厉督促下，董鄂、毕力克图、阿密达等部已于八月十五日抵达平凉。但因兵力不足，所以包围得并不严密。这时，王辅臣命人从城楼给董鄂射下一封信，信中说：他曾派官员王起凤赴西安，谈判受降，已过两月，不见回来，因此士卒都很疑惧，以致不敢降。董鄂接到信，向康熙帝请示。康熙帝斥责其迂腐，所谓兵贵神速，在如此有利的情况下，应该先打了再说。把对方打痛了，也就不会再提那么多条件，自然也降得爽快。他严令“速行围城，务期剿灭”。至于王起凤，可以遣还平凉。
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