对付黄巾军的主战场有两个，一个是北部的冀州，北中郎将卢植任总指挥，他的对手是张角三兄弟；一个是南部的颖川郡，分别由左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊任总指挥，他们的对手是颖川黄巾军的首领波才。
先说说南部战场。
颖川郡的位置挨近洛阳，波才又是黄巾军中最有谋略的将领，朝廷不敢怠慢，派了皇甫嵩和朱俊共同迎击。黄巾军作战英勇，面对朝廷的两路大军，不急不怕，沉着应对。
皇甫嵩和朱俊虽然没有吃到大败仗，但一举荡平敌人的想法没有实现。尽管有过平叛的经验，这一次他们也不敢再大意，商议之后，他们决定采取稳扎稳打的办法，与黄巾军打持久战和消耗战。
这个决策本来是正确的，因为他们这次出征，队伍是临时组建而成，来不及训练，各部之间和上下之间都还不够熟悉，是一支战斗力还没有完全形成的部队，稳定一下慢慢来，是有必要的。
同时，大将军何进在洛阳正抓紧组建预备队，朝廷的援军以后会陆续投入战场，只要坚持下来，战场敌我力量对比就会发生改变。
波才也看到了这一层，所以他不想长期对抗，而是全力攻击。他选择的主攻目标是朱俊负责的方向，结果朱俊盯不住，吃了败仗。
皇甫嵩分析了形势，认为得找一个坚固的据点屯兵筑寨据守，这样他带兵退到了一个地方，叫长社。
皇甫嵩和朱俊的队伍退到了长社城内，波才随后指挥黄巾军将其层层围住。黄巾军的人数几倍于朝廷的部队，形势十分危险。
皇甫嵩不断向洛阳发出求援信号，这样，新组建的骑兵师共五千余人，在没有经过训练的情况下，即在师长（骑都尉）曹操的率领下投入战场。这时是光和七年（184年）五月，距张角正式起义仅两个多月。
长社是一个小县城，去过北京西南郊宛平城的朋友们可能会有更容易理解这一点，通常这样的城池只有四个门，站在南门楼一眼就能看到北门楼。平时，里面的常住人口至多数千人。依靠这样的城池抵挡黄巾军数万人的进攻谈何容易？皇甫嵩作为经验丰富的将领，一面指挥守城，一面思考如何摆脱困境。
站在长社城墙上，他看到黄巾军的营寨附近都长满树木和草，他们这样做可能是为了宿营的时候更舒服一些，毕竟农历五月的天气已经很热了。
皇甫将军的脸上露出了一丝不易觉察的笑容，波才，看来你只靠自学成才还是嫩了点。皇甫嵩立即布置下来，准备引火之物和大量易燃品。士兵们趁一个刮风的夜里冲出城去，他们个个手持火把和引火的东西，冲到敌营，见到树也烧，见到草也烧，见到营帐也烧。这时候风很大，火势很快起来，黄巾军数十天攻城不下，已经比较疲惫，大部分人都在睡觉，突然火光冲天，喊声四起，营帐里一下子乱了套。
皇甫嵩立即率兵进攻。黄巾军损失惨重，但他们没有完全退却，而是退到长社之外稍远的地方重新扎营。这时，曹操率领的骑兵部队赶到了。
三路人马合在一处，由北中郎将皇甫嵩统一指挥，这次皇甫嵩改变了打法，主动寻求与黄巾军决战。对于黄巾军来说，其实没有更好的办法，打持久战只能对朝廷更有利，也只能选择决战了。
结果，这场决战以朝廷军队大胜结束，波才弃军而走，黄巾军被斩首数万。灵帝下诏封皇甫嵩为都乡侯。
皇甫嵩、朱俊会同南阳郡太守秦颉、骑都尉曹操等人继续追击，不断扩大战果，于宛城斩杀了黄巾军另一个首领张曼成，最后于阳翟和西华再次找到波才和黄巾军首领彭脱率领的主力，取得大胜。
朝廷军队三战全胜，黄巾军被迫退出颖川、南阳等地，京师南部的形势转危为安。在首战中朱俊所部曾经吃了败仗，所以皇甫嵩在上报功劳的时候，特意将后面取得的功劳多分一些给朱俊，灵帝下诏封朱俊为西乡侯，由右中郎将改任镇贼中郎将。
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