荀、孔融等人的反对发挥了重要作用，一直到建安十三年（208年），即赤壁之战的前夕，帝国的政治体制基本上没发生什么变化，曹操仍然担任司空，恢复九州制的建议也没人再提起。
这段时间，除了在外面征战以外，曹操都住在邺县，以避免回到许县跟天子碰面。但是，这种不方便是显而易见的。据司马彪《续汉书百官志》介绍，东汉司空府的编制原本只有七十多人，这显然满足不了现实需要，但要大规模地增加内设机构和编制，必须得有个说法。
建安十三年（208年）六月，曹操下令改革朝廷政治体制，废除三公，恢复丞相。
汉代的中央政体是三公九卿制，但就其具体内容而言，在西汉和东汉并不一样。西汉因袭秦制，三公分别指丞相、太尉、御史大夫，相互不统属，但有制约，都直接向皇帝负责；九卿分别指奉常（掌管宗庙礼仪）、卫尉（掌管皇宫保卫）、郎中令（掌管宫廷警卫）、太仆（掌管宫廷车马）、典客（掌管少数民族事务和外交）、廷尉（掌管司法）、治粟内史（掌财政税收）、宗正（掌管皇室事务）、少府（掌管山河湖海税收和手工业）。东汉的三公指太尉、司徒、司空，九卿指太常（掌管典礼）、光禄勋、卫尉（掌管宫省禁卫）、太仆（掌管皇室车马）、廷尉（掌管司法）、大鸿胪（掌管接待诸侯与少数民族）、宗正（掌管皇族事务）、大司农（掌管国家财政收支）、少府（掌管皇帝器用服饰）。
西汉三公虽然互不隶属，但丞相的地位显然高于御史大夫以及太尉。与东汉三公相比，丞相的权力更大，这从它的内设机构及编制上就可以看出来，西汉丞相下设十三曹，相当于十三个处，标准的编制为三百八十二人。
这些主要的部门分别是：西曹，负责丞相府
从这些内设部门的职能可以看出，丞相府实际上就是一个标准的小内阁，人事、行政、经济、交通、司法、外交、军事无所不管。正因为它的权力太大，所以汉武帝重视尚书台，把权力从丞相手中逐步收到自己身边的一群秘书们手里，削弱丞相的权力。到了东汉，干脆设新的三公，把丞相的权力一分为三，互相制衡。
从西汉到东汉，一直存在围绕着皇权与相权展开的斗争，天子是否强势，成为决定斗争胜负的焦点。而到了东汉中后期，政治斗争中又夹进来外戚、宦官，形势更加复杂。三公在现实政治格局中已经完全被边缘化，直到曹操担任司空以后。
建安十三年（208年）的这次政治体制改革倒没有遇到太大的阻力，对于曹操成为丞相，大家已经有了足够的心理准备，叫什么只是个名分而已，实质内容并没有大的改变。
这场政治改革有一个小小的由头。这一年年初，司徒赵温突然征辟曹丕，也就是征调曹丕到司徒府来工作。因为曹丕的特殊地位，赵温的这项提议在外人和曹操自己看来并不是有意讨好，反而有点恶搞的意思，因而触怒了曹操，赵温因此被免官。
作为名义上唯一与曹操地位相当的在职官员，赵温的日子并不好过，他时刻担心会做错什么事，或者犯了曹操什么忌，从而惹来杀身之祸。这种树大招风的心理一直左右着士大夫出身的赵温。此时，因为一件不大不小、也算不上丢人的事被免官，对于赵温来说与其是不幸，不如说是幸运。
所以，有人认为这说不定就是赵温有意而为之，目的是全身而退。赵温被免官之后，三公只剩下曹操一人，此时恢复丞相，曹操更是理所当然地成为唯一候选人。
六月，献帝命太常卿徐拿着天子的符节前往邺县，拜曹操为丞相。徐就是那个从袁术手下逃脱，并将传国玉玺归还汉室的功臣。根据《后汉书徐传》的记载，曹操对这项任命也作了礼节性的推辞，甚至要把丞相让给徐当。徐再弱智或者再官迷心窍也断然不敢应承这种事，坚决予以拒绝（操以相让，不敢当）。
于是，曹操正式就任丞相，同时任命郗虑为御史大夫。
西汉的三公除丞相外，还有御史大夫和太尉三职。曹操此次恢复丞相制的同时，又恢复了御史大夫，但没有恢复太尉。有人认为御史大夫很重要，相当于“副丞相”，曹操把如此令人瞩目的职务给了名不见经传的郗虑，确实让人大出意外。
郗虑字鸿豫，兖州刺史部山阳国高平县人，跟刘表一个县。他进入曹操阵营比较晚，但他有一人特殊身份：郑玄的学生，这让他沾了不少光。以郑玄在当时文化界无人匹敌的地位，他的学生崔琰、国渊、王基等人在社会上也享有很高的知名度，加入曹操阵营后都很受重用。
郗虑从小就受教于郑玄，建安初年来到许县，在曹操的推荐下做了侍中，并以侍中的身份兼任九卿之一光禄勋卿。对于这项任命献帝显然有些不以为然，他曾当着郗虑的面问少府卿孔融：“郗先生有什么特点和长处（鸿豫何所优长）？”
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