由于白娘娘的聪慧能干，彭安国在位安享了多年太平。八十二岁那年他才病逝。其长子彭思万于宝佑二年（1254）年继任。这时，元军在忽必烈的统领下大举南伐。1276年，南宋都城临安被攻克，南宋灭亡。又过三年，赵氏一个小皇帝在崖山被大臣陆秀夫抱着跳海而死。元军消灭了南宋最后一支抵抗力量而统一了全国。彭思万眼见宋王朝灭亡，元世祖入主朝廷，便在这年冬月来到武汉，拜见了元朝廷大臣行中书省湖广平章奥鲁赤。彭思万对奥鲁赤道：“我部土司愿意归附大元皇朝，请您向皇上转达我的意愿。并乞封安抚司为盼。”奥鲁赤道：“尔等归附我朝，吾皇必定欣悦。待我当面禀报，再予尔回复。”
彭思万遂在武汉择店住下，一连等了两月。这期间，奥鲁赤亲至大都，向元世祖忽必烈转呈了土司彭思万的归附意愿和乞封请求。忽必烈听了禀报后，果然高兴地说：“溪州土司愿意归附，我朝表示欢迎。不过，我朝改制新建，不宜滥施官员。安抚司使职权过大，土司酋长不能担此重任。”
“还有别的官职，可否考虑封任？”奥鲁赤又问。
“朕封他为武德将军如何？”忽必烈道，“给个武将职位，不设衙署。”
“可以，这对土司也是个安慰。”奥鲁赤即回武汉，转达了皇上旨意，彭思万乃到京城作了朝见。忽必烈当面给他赐了印章并授其职为武德将军。彭思万连忙跪头谢恩。
一个多月后，彭思万一路游山玩水转回了永顺。其弟彭胜祖得知元世祖不肯封永顺为安抚司，表示十分不满地对兄长说：“我们溪州之地历朝都有衙署分封，为何元朝只封了个武将之职，却不授安抚司衙署，这不象话。朝廷不愿封，我们自己设安抚司吧！”
彭思万道：“没经朝廷同意，我们怎能自己设安抚司衙署，这事不能做，做了会惹火烧身。”
因为兄长不愿意，彭胜祖也无可奈何。后来，彭思万去世，其子眼睛瞎未能袭职，彭胜祖乃于元贞二年（1296年）继任爵位。
大约在南宋末年，朝廷便在各蛮吏之地始设安抚司和宣抚司。元朝时，继设安抚司、宣抚司和宣慰使司。元延佑七年（1320年），彭胜祖开始自称为永顺抚司。其子彭万潜于元至正九年（1349年）袭职。至正十一年（1351年），彭万潜自称为宣抚司。
与永顺比邻的桑植大庸境内，这时也有两支土司开始兴盛起来。一支是桑植的土司向思胜，于宋景炎三年（1278年），奉朝廷之命，从四川盘龙洞到桑植征苗。向思胜善于征战，到桑植后，先后征服了土酋、苗酋十二处。元世祖忽必烈灭南守后，向思胜率土酋入朝归化，被元朝廷封为湖广桑植等军民宣慰使司之职。同年在桑植沙塔坪乡茶盘口屋场筑了一座老司城。其孙向仲山于元统三年（1333年）袭职后，又将司城迁往桑植两河口乡旧街村，当地人称旧司城。这支土司后来一直廷续了数百年才渐渐衰亡。
另一支崛起的土司是大庸茅岗的覃氏。其第一代始祖名叫覃添佑。在覃氏之前，茅岗地区的统治者本属吴氏宣慰都元帅府。吴氏世袭了好几代，最后一代的吴邀，却被覃添佑的儿子覃垕推翻了。覃垕据考是覃添佑的次子，有关他的传奇，至今在大庸，慈利一带的民间被说得活灵活现。据说覃垕老家在澧水河的烟柱山上，他出生时，身上有几条肉龙，有很多人还看到一个红球从天上落到他家屋顶上，照得满屋金光。为此有人说他是真龙天子出世，这话传到官府，被皇帝知道了，于是皇上传令把覃垕捉来杀掉。覃垕的爹娘急坏了，俩口子吩咐覃垕的姐姐把他带到一个洞里藏了起来，官军没找到覃垕，就把覃垕的爹娘杀了，尸体放在堰塘里。不久，堰塘中间鼓起一个坟包，上面长出几根楠竹。而覃垕在姐姐的抚养下慢慢长大了。他小时吃过各种苦，会打柴摸鱼虾，又学得一身好武艺，10多岁时，覃垕梦见父母在梦中对他嘱咐说：“孩儿，你把坟包上的楠竹砍了，做成弓箭用功操练，只要练完三年六个月，等到鸡飞狗上屋时刻一到，就朝东方开弓射箭，就可把皇帝射死，为你父母报仇。”覃垕醒来，即照父母梦中的吩咐，砍了楠竹做成了弓箭，从此开始天天练习射箭。
晃眼三年过去，覃垕练得一身好箭术了。他姐姐急着催他开弓射箭报仇。覃垕说：“我还差六个月练满，还要等到鸡飞狗上屋的那一刻才能开弓射箭。”其姐姐一夜急得没睡着，第二天一早，她把鸡放到屋上，又把狗一阵乱打，接着就喊：“兄第，时候到哒，快开弓射箭吧！”覃垕起来一看，真见鸡飞狗上屋了，就拿出弓箭，对准东方连射了三箭。那第一箭没搭上弦，落到深山下潭里，这个潭以后就叫“箭潭”。第二箭射到皇帝龙椅上，第三箭射到皇帝的金冠上，皇帝吓了个半死，忙吩咐人捉拿刺客。刺客没捉到，皇帝发现那箭头上有“覃”。乃下令派兵去捉姓覃的刺客。不久又闻覃垕造反起义，皇帝就派兵把覃垕打败杀死了。这个故事虽然只是一种神话传说，覃垕起义的真实经历，实际上是很复杂的一段历史，其过程据有关史料考证应约略如下。
元至正十二年（1352年），覃垕联络夏克武、八鼓皮、田大、茅头等九溪十八峒上万人举行反元起义，首先攻占了茅岗的吴氏都元帅府。吴都主仓皇逃往了桃源蓼江坡。元朝廷很快派了指挥官任文大等前来围剿镇压。任文大将元兵分成两路。一路由茅头关、黑枞关进抵温阳关，一路由桑植进抵神挡坪。覃垕先在七年寨附近路口设伏，将进犯元军杀退。继而在神挡坪埋伏设卡。其时，有数百元军乘夜来到卡口偷袭，覃垕守兵因连日作战疲劳过度，一个个打了瞌睡。正在危急时刻，忽有一只飞鸟突然撞击挂在树上的铜锣。众守兵惊醒了，立刻掀动擂石，元军猝不及防，结果被打得人仰马翻，纷纷向后溃退。覃垕乘机率部追下山去，元军阵脚大乱，最后争过一座木桥逃命时又将桥压断，人马大半摔死在深涧中，覃垕部获得大胜，时人传为神助，故其地名后被称做神挡坪。
第二年，元军在南方各地被农民起义军打败，覃垕就杀出茅岗，很快攻占了慈利州。红巾军首领陈友谅这时便给覃垕、夏克武授予了慈利军民安抚使正副职。
至正二十三年（1363年），陈友谅兵败鄱阳湖。朱元璋夺得天下，不久命杨璟为湖广平章。杨璟率部进驻澧属三江口。覃垕在大军压境下，乃赴三江口与杨璟讲和，同时派儿覃仁等表示愿归附朝廷。明朝廷仍授覃垕为慈利军民宣抚使职，秩正三品。但朝廷对覃垕当宣抚使掌兵很不放心，不久又改任他为湖广理问，这个职务只是一个掌管行省刑事诉讼的官职，没有多大实权，覃垕亦不满意。他依然留守在慈利，并在澧二水交汇的永安渡修筑了一城，作为宣抚使的治所。
明洪武三年（1370年），明朝廷为剿灭四川明玉珍的起义军，派了数万大军从湘西北过境。其年正逢慈利一带天干大旱，粮食绝收，官民流离失所，明军又要地方供应军需，覃垕被迫无奈，只得联合九溪十八峒的土司于四月揭竿而起，宣告反抗明军起义。明太祖朱元璋闻讯大惊，乃命湖广平章杨璟率兵急讨。朱元璋在谕中还批示：“此役宜多方取之，碍其山寨，绝其樵采，乘机剿捕，胁从开释，收复镇抚，以络远人。”又批示：“今师入其境击之，但使远去，不令出扰州县可也，不必虏其巢穴，更宜约束麾下，慎勿逐利轻进。”杨璟领命，率四万大军前往进剿。覃垕率部与明军对抗，双方先后经历了4次激战。
第一次激战在慈利永安渡。覃垕据城防守。杨璟挥兵将此城包围，双方激战数日，覃垕弃城退走。
第二次激战在今武陵源景区的百丈峡。覃垕利用峡谷险据守数日，其大将田大在此力战而死。覃垕率部退至官坪观音山。
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