正是段祺瑞苦于无战不能立功的时候，老天竟然给他送来了良机——
山东义和团被袁世凯镇压下去之后，山东人民的反洋人、反皇帝运动，仍然在此起彼伏，一天也没有停止。在威县，农民赵洛凤父子率众数干人在一方土地上开展了杀洋人、劫官府的行动。一时闹得半拉天红红火火，官府和洋人都不安了。接着，更有农民景廷宾率数千人起义。于是，清河道袁大化、大顺广道庞鸿书、营务处道员倪嗣冲以及赵庄洋教士万其偈等纷纷上书袁世凯，请求派兵“剿匪”。袁世凯已把军权托给段祺瑞了，“剿匪”一事自然交给段祺瑞。段祺瑞便率队前往。
别看段祺瑞梦寐有仗打，一旦真要打仗了，他却有些儿惧怕了。出征之前，他便皱着眉苦苦地思索，以致连鼻子都歪到了极度这里，我们得交待一下这位段某人的生理特征：段祺瑞小时候有个牛脾气，认死理。他想的事别人不同意，他便生闷气，气得不吃不睡。有一次，是他在宿迁跟随祖父读书时，祖父让他把《论语》中的一篇念会背，他想出去玩。结果，他偷着去玩了，书自然不会背。祖父质问他时，他只管站着不回答。祖父十分生气，便给了他一耳光，正巧打在鼻子上。鼻孔出血还不说，鼻子却被打歪了。后来虽经治疗，正了过来，可是，每遇到烦闷或气怒的事，那鼻子便又歪了过去。所以，段祺瑞有个“歪鼻子”的雅号。跟他交往多了或常在他身边的人只要见他鼻子歪了，便知道他轻则遇到不顺心的事，重则在大怒。人们也就习惯以他鼻子歪正来判断他是喜是怒；从歪的程度来判断他气怒大小。
段祺瑞不知“土匪”底细，怕势力太强打不过他们。“果然，这一仗打败了，说不定前程便丢了。”这是他有生以来第一次实战，别看在武备学堂的课堂上他能把打仗的事说得头头是道，开起火来，可不知道如何?段祺瑞没有把握。他想去找徐树铮，一想徐树铮也是个学生，何况他根本就不读兵书。便作罢了，只好硬着头皮出征。段祺瑞率队来到威县，听说景廷宾、赵洛凤等人把洋教士罗泽普杀了，心里更惊。虽然已经探明赵洛凤等人藏匿在赵村，他却不敢胃然攻打，只在村外安下营寨，派人到村中传话，说：“只要交出匪犯，决不株累村民。”
此时，村中有人出来说：“景廷宾、赵洛凤实在不在村中，村民们愿意协助官兵查访缉拿。”
段祺瑞犹豫了：土匪不在村中，攻打没有道理；冒然进村，又怕遭到埋伏。正在这时，有马弁来报：“村东之李村，景廷宾等聚众，打家劫舍，并将南宫县官差郑杰等人劫掳入村。还扬言，只有官兵退去，方可释放郑杰等人。”
一波未平，一波又起。匪未剿成，官差被质。若人质被害，事态不是更大了吗!段祺瑞思索再三，决定暂时撤兵。
官兵撤了，官差果然被放了出来。但官差所押运的银两、物品，悉数被“土匪”截留。
时为壬寅初夏，威县大地还显得几分寒凉。段祺瑞出师近月，尚未剿得一匪，莫说战功了，回去连个自圆其说也说不出。倘若匪盗再起，岂不是他的大罪。左思右想，心中难静。最后只得决定孤注一掷，把李村包围起来，即使没有剿灭匪盗，夺回被截去的南宫县钱物，也算胜利。
段祺瑞率领日前撤出的官兵，乘着漆黑之夜，突然将李村包围起来。由于不知匪众多寡，未敢直攻，只发动了一场说教攻势，号召交出匪首，归还官府银两、物品，解散匪伍，即不予深究。在这同时，又将队伍分开四野，把个小小的村庄包围得水泄不透，里外几层。也是这伙匪众失策，他们不仅闭门抗拒、置若罔闻，并且调集北边张庆同伙数百人，列阵抬枪，向段祺瑞的官军抄袭过来。
段祺瑞见势不妙，即把队伍分成小队抵抗。
经过小站之练，段祺瑞手下的新军还是具备了一定的战斗力的，加上枪炮也较先进，比起那些凑合起来的民众，要强得太多。战火一开，段军便节节胜利，“匪盗”一见自己人死伤太多，战力涣散，很快便四散逃走。后来得知，景廷宾也被打死了。
段祺瑞总算初战告捷了。收拾一下战利品，整顿一番队伍，准备班师回防呢。不料溃散的民众四乡活动，竟又纠集5—6千人高喊为景廷宾报仇，分路朝官兵袭来。段祺瑞即驰书大顺广道庞鸿书、营务处道员倪嗣冲等，请兵来援。庞、倪两部火速出兵，他们几路夹击。当盗众节节败退，眼看溃不成军时，又闻报说，临村寺庄教堂又聚匪盗45干人谋攻。段祺瑞即率亲兵前往援救。匪盗虽亦有优良枪炮，但射击技术太差，声势轰鸣，却不能取准命中。酣战两个时辰，只伤官兵4人。段祺瑞则以马队抄袭，连连取胜。盗众见大势不利，纷纷逃走。
经此一战，威县起义民众基本被肃清，被屠杀的无辜约干人。段祺瑞夺获前膛大炮3尊，抬炮81具，火枪、旗帜、刀矛230余件。随后，段祺瑞又同地方官员商量，制定清除后患措施，令地方逐村造册登记，令其盗众悔过自新，设法抓捕盗首，并号召百姓安份守法，不可妄动。
段祺瑞班师回济南了，好不耀武扬威!就连袁世凯也出城来迎接他。袁世凯握着段祺瑞手的时候十分高兴地说：“芝泉，回来赶快让人把这次剿匪情况写个折子，我要直报朝廷。”
——袁世凯自小站练兵伊始，便想树自己的军威，在军中，处处显示自己；山东镇压义和团，他在朝野上下，军威颇震。然而，山东并未像他上报朝廷的那样“拳匪灭绝，地方太平”，而是义军仍然四起，洋人、官府都不得安生。他袁世凯不能不心惊!果然消息传到京城去了，他得担着“欺君之罪”。段祺瑞这一胜利，袁世凯一块石头落了地。为段祺瑞请功，其实正是为他自己向朝廷报喜!袁世凯不但想到获取这次战功，还想向朝廷表明：“我练的新军就是不同于旧军，战力很强，开战必胜!”这样，他手中的军权会更牢稳。段祺瑞是他的部下，为段祺瑞请来战功了，既是他对下属的关怀，又会把下属拉得更紧。这样一举几得的事，袁世凯不会放过。
要向朝廷请功，段祺瑞自然兴奋。于是，他把威县之战，说得天花乱坠，把自己说成了指挥有方、英勇善战的将领。袁世凯专折报奏朝廷。朝廷对威县剿匪大加赞赏，并根据袁世凯的保奏，对于提升段祺瑞作了如下朱批：
武卫右军总办随营学堂劳保准免补知府以道员仍留原省补用，并加二品衔。
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