随着时间的流逝，姉川胜战的效果日益降低。周遭的人逐渐发现，织田家虽然在会战中赢得胜利，但浅井或朝仓并未因此灭亡，同时也看出织田信长为了应付强敌，而在北近江和越前配置了大批的战略武力。
面对这种情势，被赶出畿内的三好三人众，率先有了反应。七月二十一日，他们再度从摄津登陆，在野田、福岛筑起山寨，准备反攻。在一海之隔的四国拥有坚固城池的三好三人众，简直就像惹人厌的苍蝇一般挥之不去。
不过，这个时候比三好更强的敌人——恐怕也是织田信长一生中最强的敌人——终于开始出动了：那就是以摄津大坂的石山为根据地，在全国各地拥有无数大小据点的本愿寺。
受到农民和领导农民的农村武士热烈信奉的本愿寺一向宗，在战国时期拥有强调以农为本的政治性格，它以全国各地的寺院为据点，架构了一个掌控农村武士的独立小王国。其中有像加贺一样，整个地区完全由一向宗徒众所组成的自治组织所统治的地方；或是像纪州的杂贺或伊势长岛一般，只是在当地拥有武力强大的自治体。整体而言，一向宗拥有一种宗教共和国的政治理念，相信来世救赎的末世思想，并且拒绝来自大名的一切控制和压榨。
这和织田信长以独裁君主统一全国、“天下布武”的理想背道而驰。因此从两年前，本愿寺就满怀苦涩地观望着信长的势力逐渐扩充。特别是信长推行的乐市乐座和统一徵收年贡等制度，剥夺了本愿寺和其辖下寺院的收入来源，对他们而言，简直形同无可原宥的暴力镇压。
站在信长的角度来看，本愿寺超越宗教应有的规范，任意扩充世俗的权力，根本就是个欺骗愚民、贪图钱财的邪教。更何况本愿寺的反抗态度日趋强烈，迟早必须发兵加以征讨。
这两大圣俗势力的反目，信长的敌人当然也看在眼里，不管是朝仓、浅井、三好三人众或足利义昭，莫不暗自期待本愿寺能加入反织田大同盟，积极地展开行动。信长所面临的情势之险恶，就像地下全都铺满了接上导火线的地雷般，一触即爆。
织田信长决意要封锁本愿寺。八月二十日，信长从岐阜出发，二十五日进入摄津，二十六日包围三好大军所在的野田、福岛山寨，同时进军至天王寺，分别在天满、森之宫、海老江、川口、神崎、难波等地安排部将固守，摆出包围石山本愿寺的阵势。信长很明显的是想以军事压力封锁本愿寺的行动。
本愿寺深知情势危险，毫不畏惧地展开反击。
九月五日，本愿寺要求纪州的门徒出兵，六日又向各地门徒发出檄文，呼吁众人群起反抗信长。以第十一代宗主显如之名所发出的这份檄文，陈述信长的做法使寺方深受其扰，宣称不反抗织田家的人一律予以逐出宗门。换言之，本愿寺已经决定要和信长力拚到底。
九月十二日半夜，石山本愿寺突然晨钟大作，举兵反抗信长，原来大量纪州门徒所组成的洋枪队早已在事前进入寺内。长达十年的苦战，就此展开。
本愿寺和信长缠斗的时间，比任何大名都长。当朝仓、浅井败亡，足利义昭遭到放逐，武田信玄和上杉谦信分别去世后，只有这个寺院始终不肯屈服。它消耗掉的织田家士兵比任何势力都多，但本身也流了最多的血。
本愿寺的发兵，无庸置疑地鼓舞了所有反织田势力。待在野田、福岛山寨内的三好大军因而硬撑不屈；在姉川溃败的朝仓和浅井，后来竟和他们取得联系，缓缓自近江来到山城。织田信长腹背受敌，面临了毕生最大的危机。
九月二十三日，信长撤离摄津返回京城，翌日又再拔师坂本，意图攻打朝仓、浅井。但朝仓、浅井登上比叡山，采行持久战术。信长以归还领国内的延历寺领地为条件，劝比叡山延历寺投降，但该寺态度坚定，不改支持朝仓、浅井的立场。
在这之间发生了另一起事件：伊势长岛的一向宗徒奉本愿寺的命令，攻打尾张的小木江城。该城乃由信长的弟弟信兴镇守，由于寡不敌众，城被攻陷，信兴被杀。前有朝仓、浅井，后有三好和石山本愿寺，信长分身乏术，只能眼睁睁地坐视弟弟丧命。可见强大的织田军团在群敌环伺的情况下，早已左支右绌了。
进入十一月以后，北越的山野开始降雪，自越前运送兵粮来此转趋困难，织田家才总算见到一线曙光。因为这么一来，朝仓大军便无法长期滞留比叡山了。信长当然不会放过这个机会，或许该说，信长苦候许久的时机终于到来。
十一月二十一日，信长首先和南近江的六角承祯媾和成功。因为六角家担心北岭大雪覆盖之时，织田大军会一举攻来，所以趁此之前赶紧和信长议和。接着十一月三十日，信长将足利义昭请来三井寺说服朝仓、浅井家接受和议，他甚至还说动朝廷，由天皇直接下令他们言和。
朝仓义景、浅井长政眼见积雪太深，无法运送粮秣，决定回应和议，信长也假称“上意难违”，慨然接受。时值十二月十二日。
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