一连丢了那么多地方，清廷的形势危急。吴三桂下一个目标会是哪里？康熙帝判断，广西地接云南、贵州，形同一体。吴三桂要打的必是此地无疑。
朝廷下令“抚蛮将军”孙延龄，坚守广西。此人虽品性不好，但朝廷对其恩宠有加，料想吴三桂也出不了更高的价。况且这孙延龄虽无藩王之名，却也如同地方军阀一般，他应该不愿屈居吴三桂之下。
康熙十三年二月二十一日，朝廷给孙延龄、都统线国安、巡抚马雄镇、提督马雄等广西军政要员发出指示：“保固粤西，唯你们是赖。今大兵已抵武昌，倘贼犯武冈（湖南武冈）、宝庆（湖南邵阳），你们即率所部官兵，进剿叛军之后，大兵迎击于前。量此逆丑，自可克期扑灭。你们身在地方，必有确见，要同心协力，谋定而后行动，以副朕倚任之至意。事平之后，自将帅以至卒伍，朝廷都不吝重赏。凡有机密军情，可报告给宁南靖寇大将军勒尔锦。”
康熙帝原本的设想是，广西清军偷袭吴三桂大军后路，而清援军则正面攻击，形成夹击之势，将吴军主力歼灭于湖、粤之间。但老辣的吴三桂却撇下武冈、宝庆等地，直奔沅州、常德一线，而清军增援也迟迟没到，康熙帝的战略构想未能实现。
这还不是最要命的，让康熙帝万万没想到是，二月二十七日，孙延龄竟然叛清，投了吴三桂。
孙延龄也是辽东人，其父孙龙原为孔有德手下的小官吏，后随孔有德降清。孔有德南下，留镇广西，其父也升为将领。后孔有德将自己的独生女儿孔四贞许配给延龄，不过此时孔小姐尚年幼，所以他们暂时未成婚。再后来，孔有德死在了桂林，孙延龄的父亲也战死。清廷特给予恤典，孙延龄袭了他父亲二等男爵之位，另加一等云骑尉，而孔小姐则得到朝廷赏银万两，每年俸禄视同郡王待遇。孔小姐长大后，便与孙延龄完了婚。康熙五年五月，康熙帝任命孙延龄为镇守广西将军，统辖孔有德旧部，驻守桂林。
孙延龄是典型的小人得志，在自己的地盘上，骄狂的很。凡本省武官任免，他都擅自做主。康熙十一年九月，御史马大任弹劾他随意任免武官。兵部奉康熙帝的意思驳斥了马大任的参劾（应该是为顾全大局）。而孙延龄反过来，却请旨要求严斥马大任。康熙十二年七月，他的部下都统王永年、副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等人上疏举报：其贪污公款、纵容部下残害百姓、昼闭城门、乡民不敢入城等罪状。举报材料送到了广西总督金光祖手上，他据实上奏。
康熙帝派兵部侍郎勒德洪前去审理此案。这时，御使鞠珣乘机进言，说孙出身微贱，又属外姓，享有已故定南王孔有德的待遇，不知感恩图报，却胆敢为非作歹，委任其兄孙延基总管属下兵事，军心未服，已引起“讦告纷纷”。他请求将孙延龄调回北京，其属下兵士，或令归属八旗，或仍令驻守广西，另派一将官统辖。
康熙帝考虑到孙延龄已为王永年所揭发，现已派人前往桂林调查，应等待其调查结果，然后再议。
勒德洪到了桂林，很快查清王永年等举报的事情，大都属实。康熙帝再三考虑，没有对孙延龄治罪，只是警告一番了事。
经过此事，孙延龄和王永年是彻底翻了脸。吴三桂反清后，曾给孙延龄一封亲笔信，希望他能与自己共举大事。对于自己的胡作非为，为何没有受到惩处，其原因，孙延龄是很清楚的。他料定，若等天下大定，朝廷必然还是会对其下手。所以和吴三桂合作，也许是一种更好的选择。
细究起来，孙延龄与吴三桂还算是亲戚。孔有德当年曾与吴三桂联姻，将女儿孔四贞许配给吴三桂的次子。但其次子未成年就夭折了，吴三桂便认了孔四贞为干女儿。后来这位干女儿下嫁给了孙延龄，而孙自然也就成了吴三桂的干女婿。
除此之外，孙延龄归顺吴三桂还有一个重要原因：他深知自己能这么受清廷及吴三桂待见，完全是自己手上有人有地盘，若这些都没有了，他就等于是个屁。而眼前，如果不归顺吴三桂，吴三桂大军必然要攻打他。自己的能耐自己清楚，他不是吴三桂的对手。大战之后，就算能保住命，逃回北京，清廷也不会给他什么好果子吃。既然如此，那还不如跟着吴三桂干算了！康熙十三年二月，孙延龄宣布叛清归吴。
二月二十八日这天，孙延龄假称开会，把所有将领都骗到府中。装模作样开完会，当将领们陆续离开时，孙延龄布置在府中的伏兵突然杀了出来。他的仇人王永年，第一个被杀。而副都统孟一茂、参领胡同春、李一第等三十余人随后也全部被歼。紧接着，孙延龄派兵包围了广西巡抚马雄镇衙署，将马雄镇全家围在里面。
马雄镇知情况不妙，让家人化装趁乱逃了出去，向朝廷报信。
孙延龄随即接到吴三桂要他攻打平乐等地的命令。
两广总督金光祖闻讯，派人火速进京报告。康熙帝下旨平叛，并悬赏孙延龄的部下，但凡有能将其擒斩者，优加爵赏，或以兵马城池纳款者，论功叙禄，或力有不逮，能自拔来归者，亦免罪收用。同时为了显示朝廷的宽厚，与孙有瓜葛者，无论是在京城，还是直隶各省，概不株连。
孙延龄叛清后，曾要求广西提督马雄从叛。这马雄虽然并不忠于清，但他历来看不起孙延龄这种靠裙带关系上位的人，所以他们之间的关系一直不好。孙延龄见马雄不听话，很是恼怒，发兵攻打柳州，却被击败。这马雄虽然打了胜仗，但他知道广西毕竟是孙的地盘，时间长了，估计也撑不下去，于是他赶忙联系吴三桂，要求归顺。第一次有人主动请降，吴三桂很高兴，他封马雄为“怀宁公”。广西都统线国安，很快也步其后尘降吴。
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