明教，又称作牟尼教或摩尼教，发源于古代波斯萨珊王朝，为公元三世纪中叶波斯人摩尼所创立。摩尼充分吸收了佛教、基督教、拜火教（琐罗亚斯德教）教义中的因素，主张灵魂从肉体中彻底解脱，因而强调禁欲、食素，同时也包括了佛教的转世说和叙利亚的天使说。教义核心可简单归纳为“二宗三际”：二宗指光明和黑暗；三际指初际中际后际（过去现在未来），现在是黑暗的，未来是光明的，光明的势力必将战胜黑暗的势力，到达明界。摩尼本人则坚称自己是佛祖、琐罗亚斯德和耶稣的继承者，是真主的先知。
明教在唐代传入中国，但并没有得到官方的认可合法普及，唐武宗禁佛的同时也把明教纳入左道旁门加以禁止。到了北宋，赵氏王朝依然不承认明教的合法地位，禁止信奉明教，信奉者一旦被官府发觉，就要被流放，财产全部没收，一半充公，一半奖励告发者，明教只能以地下宗教的形式流传发展。
北宋末，浙江的明教由福建地区传入，在当时的影响很广，仅温州地区就有明教斋堂四十多处。当时的明教布道者对原来的明教教义作了改良，他们不再尊外国神仙摩尼为祖，而是改拜太平道的始祖张角为教祖，同时也拜读佛教的《金刚经》，中国的明教教徒和佛教徒一样不吃肉、不喝酒，提倡素食，不事神佛、祖先，提倡节约，死则简葬，教徒之间提倡团结互助。
相对佛道二教，明教的受众更偏向最底层的劳苦大众，更为反映农民阶层的经济意愿和政治诉求，所以从宋代开始，历代农民起义军都喜欢把它作为宗教旗帜，煽动农民将造反进行到底。
第一个揭起这面旗帜的是方腊。
方腊是睦州青溪（今浙江杭州市淳安县）人，当地人称方十三，家住帮源洞（位于青溪县西北七十公里的山谷中），家境还算良好，有一大片漆园，原来也衣食无忧，但后来因为赵佶派朱勔征花石纲，因帮源洞盛产漆楮竹木，小地主方腊也因此受到造作局的榨取。日子一天比一天难过，信奉明教的方腊便渐渐起了和教友兄弟们反抗朝廷的心思。
政和六年（公元1116年），青溪地区又发生了大水灾，天灾人祸加上宗教压制，睦州地区的农民群众与朝廷的对抗情绪越来越激烈。方腊利用此机会，四处奔走说教，组织队伍准备起义。
宣和二年（公元1120年）七月，方腊的活动被当地的大地主、帮源里正方有常察觉，把方十三抓了起来，准备送官，但方腊还是逃了出来。大鱼漏网后，方有常知道自身难保，举家逃往歙县（今属安徽）七贤村。方腊有仇必报，十月，带领几百教徒去七贤村杀了方有常全家四十余口，然后返回帮源，举行誓师大会，正式开始造反。
方腊起事在睦州等地如星火燎原，一发而不可收拾，短短的几天时间，就有近十万人加入了这个队伍。十一月一日，方腊自称圣公，以方肥为宰相，并设置各级将领官职，“以巾饰为别，自红巾以上凡六等”，并改元永乐，使这支农民队伍有了基本的组织和领导。
得知方腊起义后，青溪知县陈光第一时间向两浙路提点刑狱张苑汇报，张苑也及时向朝廷做了汇报。但消息到了帅哥宰相王黼手头，王宰相认为朝廷现在的主要重心是组织兵力伐辽，并没有将青溪这点芝麻小事放在心上，反而斥责张苑大惊小张皇生事。
张苑没有办法，只有前往睦州与刚刚上任的睦州通判叶居中一起企图招抚方腊，方腊刚起了个好头，当然不可能轻易罢手。
招抚不成，睦州官方只有采取武力镇压。两浙地区最高军事长官（两浙路制置使）陈建派出五千官兵，由兵马都监蔡遵、颜坦率领前往青溪镇压起义军，方腊在队伍无兵甲少器械的情况下，在息坑威坪镇（今淳安县西北新安江北岸）设伏，一口吃掉官府的五千兵马，击毙蔡遵、颜坦，并获取了大量的装备。
初战大捷后，方腊一鼓作气，于十一月二十九日攻克了青溪县城，知县陈光仓皇逃跑。方腊随即率部二万攻打睦州，睦州知州张徽言弃城逃跑，倒是通判叶居中临危不乱，率二千余官兵主动出击方腊，被方腊击退后坚守睦州，但兵力太过于寡弱。方腊率兵强攻，十二月一日，睦州陷落，叶居中被半个月前他还企图招降的方腊砍掉了脑袋。
睦州陷落，附近的县城相继被义军占领。
方腊占领睦州后，目标剑指与睦州相邻的江南东路的重镇歙州（今安徽省徽州），当时的歙州知州是仁宗朝名臣曾公亮之子曾孝蕴。曾孝蕴对方腊起义十分重视，方腊刚在睦州起事，曾孝蕴就在歙州界内积极组织兵力布防，以防方腊来侵。
但此时的朝廷还没有充分认识到方腊起义的严重性，他们认为，同时期的活动中，开封附近的宋江起义对帝国来说更有威胁。于是他们把经验老到的曾孝蕴调到青州去镇压宋江起义，而歙州方面用没什么资历和经验的毛栗代理知州主持歙州全局，同时派东南第三将，有“病关索”（水浒一零八好汉中杨雄的外号）之称的郭师中率兵进驻歙州。
方腊大军很快杀向歙州，“病关索”郭师中率兵出战，被方腊不费吹灰之力斩落马下，而歙州城内则发生了民变，打开城门迎接义军。代理知州毛栗坐在一把手的位置上没两天就被砍了头，歙州及附近属县陷落。
打下歙州后，方腊调头杀向了杭州，于十二月二十九日杀到杭州城下，杭州是东南重镇，有朝廷重兵据守，要吃掉杭州，方腊必须证明他有足够好的牙口。
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