然而，谁也没能料到，朱元璋对家乡的特殊关爱，最终却给家乡造成了难以承受的恶果。
凤阳的环境，在历代人口压力之下，早已长期恶化。朱元璋的大移民，一时虽给农业提供了充足的劳动力，但如此巨量的移民一下子涌入，却给环境造成了极大的破坏。
当时凤阳的土地，最好的部分已经被勋贵圈占，凤阳本地人又占据了中等土地，移民们所获，多是人们挑剩的低产土地。《凤阳新书》卷七说：
“田上则者，归之军，归之功勋矣。中则者，土民括其一，佃户括其一，惟留下则处瘠，乃得以实编民之耕。”卷五又载，移民所获“皆山岗硗确，土石伴错，溪谷流水无有，山林薮泽无存”之地。
没有好地，山地附近的新来移民就上山毁林开荒，对山地的肆意开垦，很快造成了明显的水土流失，挟沙而下的水流，加剧了淮河流域水系生态环境的恶化。
湖边的移民开始围湖垦田。涸湖为田表面上看增加了耕地，在短期内缓解了人地压力，实则使水利蓄泄失宜，破坏了当地生态的自我循环。
除此之外，凤阳一系列重大工程，又开采了附近山区的大量山林，使许多山变成了童山秃岭。
最要命的是，为了保护祖陵风水，人们进一步破坏了当地生态循环。
位于洪泽湖畔的泗州是明祖陵所在地。朱元璋的祖父朱初一埋在这里。
由于害怕洪水淹没祖陵，导致“王气中泄”，所以自明中期淮患日益严重之后，明政府定下了这样的治水策略：“首虑祖陵，次虑运道，再虑民生。”
也就是第一是祖陵，第二要保证向北京运送粮食的航道，最后才是老百姓：
“淮域较运道，则运道重。以运道较祖陵，则祖陵尤重。”（《朱元璋与凤阳》）于是明政府经常不顾民生而决高家堰放水，人为降低洪泽湖水位以护陵。这一措施虽然暂时减轻淮河对祖陵的威胁，但使得河道极为混乱，给周边生态环境造成了极其深远的影响。
有明一朝，凤阳周围渐渐变成童山秃岭，森林损毁殆尽，湖泊淤塞，淮河则经常泛滥，水患频仍，两岸百姓民不聊生，“地力既尽，元气日销，天灾流行，人事屡变”（甘山修《霍山县志》卷十三）。凤阳由此十年更有九年荒。“雨三日则沛泽，极目垮洼，泥淖不可耕耘。稍亢阳又为焦土。”
（汪旎修《重修蒙城县志书》卷十一）据《凤阳新书》记载，自万历十七年至泰昌二年（公元年），凤阳共发生旱涝灾害6次，平均五年多一次（《凤阳新书》卷四）。
这只是灾害影响较大的。如果算上一般的灾害，则“凤阳十年九荒，非旱则雨”（《凤阳新书》卷四），至明末更是“十余年来无岁不灾，无灾不重”（《凤阳新书》卷四）。
当初朱元璋强制迁来的移民的后代，在一次次灾荒中不断逃亡他乡。
比如景泰三年（公元1452年），凤阳府等处发生涝灾，“田禾无收，积年在彼逃民，俱各转徙，赴济宁、临清各处趁食，动以万计”（《明英宗实录》卷二二四）。
成化八年（公元1472年），“江淮南北，民多流亡”（《明宪宗实录》卷一一一）。凤阳的人口，在明中期以后迅速减少。据《凤阳新书》记载，该县“洪武之初，编民十有四万也。自时厥后，旧志尚在丁口四万七千八百五十余口，万历六年，则仅存一万三千八百九十四口”（《凤阳新书》卷四，《赋役篇第二》）。
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