从洪武十八年到洪武二十八年，皇帝与百姓密切配合，严厉打击贪污腐化。那个时候，几乎无日不杀人。有些衙门，因为官吏被杀太多，没有人办公，朱元璋不得不实行“戴死罪、徒流办事”，“戴斩、绞、徒、流刑在职”的办法，叫判刑后的犯罪官吏，带着镣铐回到公堂办公。
他不仅动用刑狱，严加惩处，而且还法外加刑。罪行严重的，处以墨面文身、挑筋、挑膝盖、剁指、断手、刖（yuè）足、刷洗、称竿、抽肠、阉割为奴、斩趾枷令、常号枷令、枭首、凌迟、全家抄没发配远方为奴、族诛等各种非刑。
在洪武时代做官，真的是一件极为危险的勾当。据说，皇帝每天上朝，如果把玉带高高地贴在胸前，这一天杀的人就少一些；如果把玉带低低地按在肚皮下面，这一天准得大杀一批，官员就吓得面如土色。在这种恐怖气氛中，不论大官小官，个个胆战心惊，不知什么时候就有大祸临头。传说当时的京官，每天清早入朝，必与妻子诀别，到晚上平安回家便举
原来是天底下最热爱做官的读书人们此时也视仕途为畏途。他们“以溷（hǔn）迹无闻为福，以受玷不录为幸”，“多不乐仕进”。有的家里有好学之子，怕被郡县所知，弄去当官，反而叫他们休学种地。有的为了避免被强征出仕，至自残肢体。
不少人在时过境迁之后，回想起洪武朝的情景，还心有余悸。如当时监察部副部长左佥都御史严德珉，在洪武朝因病要求辞职，朱元璋怀疑他是装病，将他黥面发配到广西南丹。后来遇赦放还，活到宣德朝，回忆起当年的经历，说先时国法甚严，做官的常保不住脑袋，这顶破帽不好戴啊！说完还北面拱手，连称：“圣恩！圣恩！”
能得到“圣恩”的人太少了。连不少受过朱元璋多次表彰的清官，也因为牵连到“空印案”之类毫无必要制造的大冤案中送了命。济宁知府方克勤是有名的清官，一件布袍穿了十年也没有换新的，因为牵连到了“空印案”里，被朱毫不留情地杀死。户部尚书滕德懋（mào）被人举报为贪污，朱元璋迅即把他处死，之后剖开滕的肚子，想看看这个贪官肚子里都有些什么。孰料剖开之后，发现里面全都是粗粮草菜，只好悻悻地长叹一声：“原来是个大清官啊！”
朱元璋清楚地知道自己杀的人里有许多无辜之人，然而他的原则是宁可错杀一千，不可放过一个。他要的是一个纯而又纯的与贪污绝缘的官僚队伍，要的是不惜任何代价实现这样一个在别的王朝没能实现的人间奇迹，而不是什么公平正义。如果能达到这个目标，多少人冤死，在朱元璋是无所谓的。
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