由官曾会衔的奏折中和折差所谈，京中知道了当时克复江宁的详情。自龙膊子掘地道，轰出太平门二十余丈的倒口，是李臣典的倡议，而且就由他在“地保城”与江宁城上，清军与洪军炮火互轰、昼夜不绝的苦战中，加紧开挖。到六月十五，地道完工，随即填上六百多袋火药。这天早晨，“忠王”李秀成，还抽调了一批死士，出城猛扑，湘军几乎支持不住，功败垂成。
第二天，也就是六月十六，在直射的烈日之下，引发了药线。事先由曾国荃召集部下诸将，征询志愿，排定冲锋的序列。原籍贵州黎平的朱洪章打头阵，第一队从倒口冲上去，“忠王”李秀成亲自领兵拦截，四百多人，全数阵亡。等前仆后继的第二队两千多人，一鼓作气冲了上去，才算站住脚，于是后队续上，分成三路，中路猛冲，左右两路绕城抄袭后路，洪军始有崩溃之势。
血战到夜，只见各处伪王府，纷纷起火，据说“幼主”洪福瑱阖门自焚，而“忠王”李秀成却是被擒了。
曾国藩所开的立功将领名单，李臣典第一，他不在“先登九将”之列，只以挖掘地道成功，为大胜的关键所在，因而论功居首。其次是萧孚泗，因为李秀成是他部下抓住的。至于首先登城，首先入“天王府”并擒获洪秀全次兄洪仁达的朱洪章，列名第四。
这个捷报一传，又一次震撼了九城。不但江宁尽归掌握，洪福瑱焚死，李秀成被擒，大江南北的洪军虽多，失却凭依，不战自溃，是这样才可以说一句洪杨已平，必无后患。
于是许多寄寓京师，有家难归的江南人，记起陆游“家祭毋忘告乃翁”的诗，特为设祭，焚香祝告。宫内也是如此，当捷奏递到的那一刻，两宫太后所决定的第一件事，就是派醇王奕譞，恭诣文宗陵寝，申告其事。
第二天七月初一，王公亲贵，一品以上的大臣，进宫叩贺，各递如意。然后就要论功行赏了。恭王与军机大臣已经密议了好几次，用本朝从无文臣封王封公的先例为理由，封曾国藩为一等侯，锡以佳名，号为“毅勇”，这却又不象文臣的称号了。
曾国荃的爵位次一等，封为威毅伯，李臣典是一等子爵，萧孚泗是一等男爵。此一役中，获“五等封”的，就只这侯、伯、子、男四个人。曾国藩的侯爵“世袭罔替”，其余的都是及身而止。李臣典甚至一天的“爵爷”都没有当过，恩封诏旨到日，他已经在七月初二病故了。
此外东南各路统兵大帅及封疆大臣，普加异数，官文和李鸿章也封了伯爵，独独浙江巡抚左宗棠和江西巡抚沈葆桢，不在其内，因为浙赣两地，尚未敉平，封赏不能不缓。但有江宁克复的煌煌恩典在，左宗棠和沈葆桢自然会格外奋勉。这是朝廷一番策励的深心。自然，京内军机大臣，军机章京，各衙门有功的人员，亦都论功行赏。大致说来，赏得其平，人心大悦。但朱洪章仅得五等封外的一个骑都尉，颇有人为他不平，认为曾国荃因为他不是湘军将领而有意歧视，李臣典的那个子爵，得来未免容易。
过不多久，曾国藩从安庆到江宁亲自视察以后，奏报络绎，详情愈明，同时也有许多人从前方到京，细谈起来，连萧孚泗的那个男爵，封得也叫人不服。他的得膺上赏，是为了生擒李秀成的缘故，但不是力战屈人，只不过李秀成逃到山上破庙里，为乡民掩护藏匿，他以随身所携珠宝作酬谢，不料另有一批乡民，见利相争，结果李秀成倒霉，被捆送到官军营里，这一营正是萧孚泗的部下。所谓“生擒”的真相是如此。
另有许多人相信这一个说法，曾国荃的厚爱萧孚泗，别有缘故。当城破之时，首先冲入的朱洪章，由中路直攻“天王府”，生擒洪仁达，其时已将黄昏，朱洪章进府搜杀，封闭府库，紧闭辕门，派两营兵守护，等待曾国荃来处理。随后，萧孚泗便来接防，这一夜工夫，把“天王府”中所积聚的财货，搜劫一空，到了第二天中午，不知如何，一把火起，“天王府”烧得干干净净。因为萧孚泗对曾九帅有这番大功劳，所以借生擒伪“忠王”为名，奏报时列名在第二，恰好轮到一个男爵。
这些话虽言之凿凿，到底是道路传闻，可能出于妒嫉曾国荃勋业的有意中伤，但不久有曾国藩的一个奏折，似乎证实了道听途说，不为虚言。
他的奏折上说：
“历年以来，中外纷传，逆贼之富，金银如海，乃克复老巢，而全无货财，实出预计之外。目下筹办善后事宜，需银甚急，为款甚巨，如抚恤灾民，修理城垣驻防满营，皆善后之大端。其余百绪繁兴，左支右绌，欣喜之余，翻增焦灼。”
恭王看到这个奏折，大为不悦，而且也象曾国藩那样，“翻增焦灼”。慈禧太后曾经提醒他过，大乱一平，百废俱举，要早早准备款项，而他想用接收而得的财货，用于办理善后的打算，如今是完全落空了！
不过，恭王在眼前还没有工夫去追究这一层。在同一个折子中，曾国藩奏报了“洪秀全、李秀成二贼酋分别处治”的情形。洪秀全的尸体，在“天王府”的一个假山洞中发现，经曾国藩亲自检验后焚毁，李秀成，则在七月初六黄昏处决。上谕原命戮洪秀全的尸“传首东南”，李秀成则解到京城行“献俘礼”，曾国藩都未照办。还有“伪幼主洪福瑱查无实在下落”，尤其不能令人安心，不得不拿曾国藩抄送军机处的，李秀成的供词来好好研究一下。
为了天气太热，也为了格外保密，恭王把军机大臣们邀到他的别墅“鉴园”去小饮，传观李秀成的供词，一共一百三十页，两万八千多字，颇花了一些时间，可是这还不是供词的全部。
曾国藩到江宁，曾亲自提审李秀成一次，随后便委交他的幕僚主审。而实际上所谓审问，只是让李秀成在“站笼”中书写亲供，从六月二十七写到七月初六，也不知写了多少字？写完就送了命。因为李秀成几乎是洪军中唯一能得到百姓同情的一个人，为了他的被俘，江宁乡民甚至于捉了萧孚泗的一个亲兵去杀掉，仿佛是要为他报仇似的。同时，李秀成虽然已成“笼”中之囚，而洪军将领见了他，依然长跪请安，曾国藩“闻此二端，恶其民心之未去，党羽之尚坚”，怕解到京师的迢迢长途，出了什么意外，所以未遵朝命，就地正法。
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