许多人都认为真正作此妖书的另有其人。就连急于结案的内阁大臣沈一贯、朱赓事后都称有关证据“空洞繁言，含糊难明，无足推求事实”。他们认为《续忧危竑议》一文论述深刻，非得熟悉宫廷内幕及官场上层动态，非朝廷大臣不能为。
顺天府除名生员皦生光作为妖书案嫌犯被捕后，随着一系列证据和证人浮出水面，声名不佳的他被认定是妖书案的作者兼主谋，受到了严刑拷打。但皦生光只承认以前刻书诈骗事实，对“妖书”一事拒不供认。于是锦衣卫将其妻妾、儿子皦其篇及刻字匠人徐承惠等人一起缉捕入狱，当着皦生光的面施以酷刑，皦生光仍然不肯招认。
没有主犯认罪的供词，案子无论如何也不能了结。万历皇帝心中也盼着早日结束这场风波，听说捉住了真凶，如获至宝，忙下了一道圣旨，称只要皦生光招认罪名及招出同谋，便饶了家属，若仍不招，家属一个也不饶。皦氏家人跪听圣旨后，都哭着哀求皦生光从实招认，但皦生光仍然顶住诱惑，拒不承认。
首辅沈一贯不欲此事再继续闹大，命人当着皦生光的面拷打其家人。其妻子、小妾、儿子都戴着重枷，被刑吏用粗针刺进十指，哀号连天。参与会审的御史沈裕厉声道：“恐株连多人，无所归狱。”皦生光受到诱供，又不堪忍受家人受苦，承认是自己对朝廷不满，一手炮制了妖书。供词如下：
本人被革去秀才功名，怀疑是皇亲郑家指使，意图报复。在刻了“妖诗”及《岸游稿》以后，再刻《国本攸关》，命子连夜散发，以为皇亲郑家定有不测之祸，可报大冤。
皦生光的儿子皦其篇才只有十岁，在供状中成了散布妖书的主犯。
主审的刑部尚书萧大亨知道万历因此案对前礼部侍郎郭正域不满，想借此讨好皇帝，还想把妖书案往郭正域身上引，强迫皦生光供说妖书是受郭正域指使。这个几乎人人切齿痛恨的大骗子却在关键时候表现出傲人的骨气，忍刑辗转，圆睁双眼，破口大骂说：“死则死耳，千刀万剐，我一人承担。奈何教我奉迎沈一贯沈相公意旨，妄引郭侍郎呢？”
沈一贯听说皦生光在公堂上当众称是自己要牵连郭正域后，不由得胆战心惊，急忙命萧大亨尽快结案，不要再随意牵连他人。
妖书案的最后结果是主谋皦生光被判斩首。卷宗报上去后，万历皇帝认为论斩太轻，亲笔批示处皦生光磔刑，即凌迟之后再枭首示众，不等秋决，即刻处死。理由是：“生光捏造妖书，离间天性，谋危社稷。”这显然是皇帝痛恨妖书的广泛影响，想借皦生光杀一儆百，让后人再不敢在“国本之争”和郑贵妃的问题上说三道四。皦生光妻子赵氏则被发配边疆充军，所面临的荼毒命运不比死强多少。其妾、其子皦其篇、刻字匠徐承惠均因服刑过度瘐死于东厂狱中。
妖书案虎头蛇尾，最终不得不草草了结，实是无奈中的上策。
然而，风波并没有因为皦生光的被杀而平息。许多人都认为皦生光是朝廷党争的替罪羊，只是被屈打成招，真正作此妖书的另有其人。就连急于结案的内阁大臣沈一贯、朱赓都不相信皦生光是妖书作者，事后称有关证据“空洞繁言，含糊难明，无足推求事实”。他们认为《续忧危竑议》一文论述深刻，非得熟悉宫廷内幕及官场上层动态，非朝廷大臣不能为，皦生光这样的落魄秀才绝对没有这样的能耐。
谣言还在继续。有人说，妖书的主谋是浙党首领沈一贯，想借此事件打击郭正域等东林党人。也有人说，主谋是东林党人，所以才有意将沈一贯、朱赓等宿敌的名字列在妖书上。一时间，揣度推测妖书主谋竟成了京城最热门的话题，雪泥鸿爪，或是吉光片羽，都会被说得煞有其事，真真假假，假假真真，愈发制造出种种谜团来。
皦生光被处极刑当日，全城轰动，毕竟凌迟之刑不是轻易能见到。黎明时分，皦生光在刑部公差的押解下，来到京城西市甘石桥下四牌楼刑场。当时尚空无一人，只有一些工匠在西牌坊下搭建临时的监斩台。明代惯例，杀在东而剐在西。过了一会儿，行刑的刽子手们来到刑场，每人手提一个小筐，筐里装满了铁钩和利刃。又过了一会儿，刑场已是人山人海，就连屋顶上都挤满了黑压压的看热闹的人群。
皦生光光头裸足，被人架坐在一个大箩筐里，抬到刑场。随即有官员到场宣读圣旨，因为人声鼎沸，听不太清楚。圣旨读完后，刽子手同声应和，声响如雷，令旁观者不寒而栗。
炮声响后，行刑开始。凡是凌迟处死的，按例要割三千三百五十七刀，即所谓千刀万剐，每十刀一歇一吆喝，最后一刀才是斩首。行刑时在旁边架一丫形木杆，挖出肝腑后放在上面示众。其间，手持小红旗的锦衣卫校尉不断疾驰而去，赶赴大内报告所剐刀数。
呼叫中，血雨中，人们都变得疯狂，眼前的一切似乎已不再真实。唯一真实的，只有死亡。皦生光身上的肉一片一片地被刽子手割下来，最终寸寸脔割致死，只剩下一副血肉模糊的骨架，望而心寒。
沈德符、傅春二人并没有去瞧热闹，而是躲在家中，将门关得严严实实，一天都没有出来过。
鱼宝宝很是好奇，很想知道二人在房中议论什么，但她是沈德符未婚妻子徐安生的身份被揭穿后，虽然没有就此离开，但行事不再像以前那样无所顾忌，也不好意思直闯进去，推齐景云道：“你去看看他们两个大男人到底在说什么？这么神秘，居然不让我们三个参与。”
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