和野心勃勃的老爹相比，刘璋显得保守了许多。从他之后的领导风格来看，刘璋是属于那种个人风格较模糊，很容易接受下属意见，并给予下属较多授权的“贴心”老板。
当然这也没什么不好，只要选对干部，这样的领导风格将有助于营造出一支和谐的经营团队。但问题是，倘若团队内部存在派系问题，那么弱势的领导风格便只会加剧派系间的摩擦，最后导致内讧甚至分裂。
益州的派系多得不胜枚举。
刘璋一上任就不得不面临四面八方的挑战。首先刘璋麾下的几名将领沈弥、娄发、甘宁（并不确定是否就是后来东吴的大将甘宁），会同荆州派来的奸细刘阖发兵造反。
此外，据守汉中的张鲁，则杀了同门师兄弟张修，大剌剌地摆明了和刘璋对着干。巴地一带的板循蛮族首领杜濩、朴胡、袁约等人长久受五斗米道的洗礼，此刻也随着张鲁脱离了成都小朝廷的控制。
刘璋刚一接手大位，手上的资源就去了一半，眼下他所能倚赖的只有两个人，一个是拱他上位的赵韪，另一个则是护送刘家入蜀的庞羲。
在赵韪的支持下，刘璋成功弭平了刘阖、甘宁之乱，并由赵韪担任征东中郎将，驻兵于益荆交界，准备向刘表开战。另一方面，刘璋放胆杀了张鲁全家，并由庞羲担任巴西太守，率重兵镇压张鲁和巴西的板循蛮族。
不过，以上这些“外科手术”不过是把外伤的创口缝起来而已，益州内部真正麻烦的“省籍问题”直到现在才真正开始发酵。
当初，刘焉将北方来的东州移民组织起来成为东州兵，用以平定益州豪族的反抗，这便注定了东州人与益州人会陷入长久的冲突。而东州人也实在不长脸，仗着有主子撑腰，越发骄横无礼，侵占本地人财产的情况所在多有。
当初身为益州大族的赵韪，逮住改朝换代的机会，力挺刘璋当老板，无非就是希望能透过新州牧压制一下东州势力。然而也不知是刘璋能力不足，还是有心偏袒，东州人强势的地位始终没有改变，这一点令赵韪相当郁闷。于是他带着东征的军力，暗中与刘表达成和解，掉过头来串联巴蜀豪族势力，打算重夺益州人的权力。
另一方面，负责对付张鲁的巴西太守庞羲也非善类，他仗着对刘家有大恩，行事跋扈专权，对张鲁的作战十回有八回吃败仗，并私下强迫地方政府交出强悍的族（少数民族）部队军权，以充实自己的实力。不少人向刘璋告他的状，刘璋虽然心里不高兴，却没有采取任何行动。
建安五年（公元200年），正当北方曹、袁两家官渡大战之际，赵韪也完成了他的部署。他率领巴蜀豪族对刘璋突然发动攻击，战火席卷了整个巴蜀地区，刘璋只能撤入成都，依赖东州兵艰苦抵抗。
双方僵持了大约一年，最终还是东州兵技高一筹，击退了赵韪的部队，而巴蜀豪族内部也开始出现分裂，最后巴蜀人李异、庞乐等杀死赵韪，率众归降刘璋，算是一定程度上缓解了派系矛盾，使州内的秩序短暂恢复。
大概也就是这个时候，刘璋与巴蜀豪族达成了交易，大量巴蜀人士晋身权力高层，例如蜀地人张肃、张松、张任、张裔、王累、王商等，他们分别担任别驾、从事、帐下司马等中央级高官，巴地人黄权也任职刘璋主簿，严颜、赵笮等人则前后担任巴郡太守。
相对的，东州人如法正、孟达等则被摒除于权力核心之外。
然而，基本上被本土化的成都小朝廷，虽然对内暂时稳定，对外却无法变成压倒性的力量。
张鲁在汉中与巴地的势力对于刘璋来说仍然是个威胁，庞羲虽手握重兵，但在赵韪之乱时却对主子不闻不问，显然是怀有异心。此外，李异等巴蜀本地将领接手了赵韪的势力，同样是尾大不掉的麻烦人物。
刘璋的政权便是建立在这些错综复杂的基础之上，人家刘表至少还有蒯、蔡等大族可以倚靠，而刘璋的政权则更像是小孩子玩的那种堆积木游戏，抽掉一小块木板便可能造成整体的崩塌，用“危如累卵”来形容绝不过分。
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