谈了这么多北方的事儿，再来谈谈南方。
自打公元一四二一年明成祖朱棣迁都北京以来，明朝就有了两个首都。南京不再履行首都之责，虽无首都之实，但却继续享有首都之名，并且原有的组织架构都被很完善地保留了下来，从迁都到明朝最后灭亡，两百多年来一直如此。也就是说，只要皇帝愿意，南京作为首都随时可以运转起来。要不明朝的官吏老是自称我大明两京一十三省如何如何呢。
一六四四年三月十九日那天，北京城被大顺军攻破，但此时南京却没有得到一点消息，官吏百姓仍一如既往地过着平静日子。到二十九日左右，开始有传言说北京已陷落，南京的官吏对于这个惊天的消息不知该如何应对，原本想的是，既然此事无法确认，那只能是以不变应万变，但后出于谨慎和恐惧，南京方面开始实行戒严。以南京兵部尚书史可法、户部尚书高弘图等人为首的大臣聚在一起商议后，觉得老是这样坐等下去也实在是太被动，并且若是北京真的被攻破，南京方面什么也不做，似乎对天下不大好交代，于是便发布公告，号召天下臣民起义勤王，捐献资财，佐助国家讨伐农民起义军。当然这仅仅是表面文章，南京方面在军事上并无实际动作。
四月十二日起，陆陆续续有在北京陷落时幸存的京官逃难到南京，此时北京陷落、崇祯皇帝已上吊自杀的消息才最终被确认。虽然在内心中已有所准备，但当这个可怕的消息最终被确认时，百官仍是感到无比的震惊与不寒而栗，难道真的要亡国了吗？他们本能地意识到，国不可一日无君，此时大明朝最需要的就是拥立新君，稳住局势。
此时崇祯的几个儿子都在李自成手上，生死不明，自是无法迎立。好在有几位宗室子弟已趁乱逃出，作为近支，具有王爵，较有资格继承王位的有潞王朱常淓、福王朱由崧。此时这两位王爷已安全抵达江苏淮安，淮扬巡抚路振飞将二人妥善安置。潞王朱常淓是隆庆穆宗帝之孙、简王朱翊镠之子、万历神宗帝的侄儿。而福王朱由崧是万历神宗的孙子、老福王的世子。从虚伪的封建道德来讲，做皇帝的自是该有几分贤德，潞王名声不错，一直有贤王的美称，从这一点上看似乎他继承大统比较合适，他是南京诸多大臣内心中理想的人选。但是有一个人却对他不甚满意，此人便是朝廷中的实力派人物，握有重兵的兵部侍郎兼右佥都御史、凤阳总兵马士英。
马士英颇有政治野心，他很明白绝大多数同僚都是要拥立潞王的，他如果也一起烧这个热灶的话，那他在新皇帝心中便没有什么特别的印象，新皇帝会认为自己这个皇位是天经地义得来的，不会感激任何人。所以他马士英要烧冷灶，拥立一个弱势君王，这才符合他的利益。而在他的心中，福王朱由崧才是理想的人选，福王和他父亲一样，名声极坏，在藩地时，便荒淫不法，早有恶名。别说其他人，就是宗室内部也有不少人厌恶他们。崇祯十五年（1641年）福王的封地被大顺军攻破，他那肥猪般体型的父亲，让大顺军的弟兄们给煮了吃了。他因为体型相对轻盈些，跑的快，总算保住了一条小命。这些年他是带着家眷东躲西藏，最后连老娘都给弄丢了，犹如丧家之犬一般，最后逃到淮安的时候，身边只剩下几名内侍。此人要才无才，要胆没胆，就连他自己，对自己的政治生命都未敢抱有任何奢望，到了淮安后，只是庆幸终于安全啦，又可以过上体面舒适的王族生活。
马士英提议福王继承大统的理由倒也不算牵强，因为福王和刚死的崇祯皇帝在礼法上来说关系更近一些。礼法在封建时代可是一个很重要的东西，所以他的提议并不容易被推翻。当时在南京还有一个人，是完全有实力有资历能与这个马士英抗衡的，此人便是参赞机务兵部尚书史可法。但碰巧此时他不在南京，而在浦口督师勤王，兵部侍郎吕大器、都御史张慎言、詹事姜曰广等人联名给史可法上书，明确表示反对立福王。指出此人有“七不可立”：不孝、虐待下属、擅权干预政务、不读书、贪鄙、淫乱、酗酒，可谓五毒俱全！他们一致认为潞王贤明，可承大统。史可法赞同他们的意见，说：“非英主不足以定乱！”
历史总是那么有趣，翻翻史书，很多人会沮丧地发现，似乎卑鄙、无耻战胜光明、磊落的概率总是大的多。我们一次又一次地叹息，但历史却从来无法改变。
无耻者固然无耻，但他们的工作效率确实很高。马士英抢先秘密派人前往淮安，向福王传递他的拥戴之意。而淮扬巡抚路振飞又是马士英的人，在马士英的授意下，他迅速为福王备舟急速赶往南京。同时马士英致书史可法、吕大器等人，反对立潞王，称绝不可坏了祖宗礼法，并说福王的恶名俱是谣传，不可轻信，而据他了解，论贤能，没有一个宗室能比得上福王。
刀把子上出政权，马士英很明白这个道理。他用重金贿赂了操江诚意伯刘孔昭，及总兵刘良佐、黄得功、高杰、刘泽清等手握重兵的将领，让这几个人派重兵护送福王至江苏仪征，准备伺机进入南京。然后他又以时势紧迫，拥立新君王不可久拖不决为由，召集众臣商议。两派商议时火药味极浓，从早晨一直争到中午，还是没议出个结果，马士英党羽给事中李沾发狠道：“今日有异议者，以死处之！”而其余党羽则集中火力围攻谩骂吕大器，称其妖言惑众，罪可当诛。因此时南京城兵权全部被马士英所掌握，所以吕大器觉得李沾所喊杀人之话，恐怕并非妄语。吕大器暗想好汉不吃眼前亏，三十六计走为上。没有与马士英等人再继续理论下去，扭头便走，其余反立福王一派的官员见领头的吕大器如此，也纷纷效仿。虽然未能逼迫吕大器等人同意自己的主张，但反福王一派的集体沉默，对于马士英来说已经足够了。他张罗属下，开始准备福王登基庆典的事情，同时为了防止史可法杀回南京，他再次加强了南京城的戒严与防御。
吕大器回府后，当即修书一封，派得力属下化装后将信带出城，送往史可法处。看到吕大器的信，史可法大惊，他感到很棘手，此时若是要挫败马士英，唯一有效的办法就是与马士英兵戎相见，他并不怕见血，但此时京城及北方众多江山已丢，现在若是内讧，这大明恐怕是真的要保不住了，这是他非常不愿意看到的。同时他想到了更深一个层次，福王或是登基后的新皇帝并不可怕，这新皇帝只是光杆皇帝，起不到什么真正的作用，真正的心腹之患是马士英，即使此次登基的不是福王而是潞王，他们仍然要面临这样一个对手，所以为了究竟让何人登基这个问题与马士英打内战，显然并不值得。史可法想了一夜，给吕大器回了信，让来人一清早便火速带回南京城。
没了史可法等人的反对，马士英办起事来更为畅快。他很快便派礼部官员前往仪征迎接福王，崇祯十七年五月十五日（1643年）福王朱由崧在南京即帝位，以次年为弘光元年。
朱由崧即位后，封赏百官。以史可法、马士英为兵部尚书、高弘图为礼部尚书，同时这三人还被封为东阁大学士。其他各官也都有封赏，张慎言为吏部尚书，黄得功为靖南侯、左良玉为宁南侯、高杰为兴平伯、刘泽清为东平伯、刘良佐为广昌伯。
史可法是办实事的人，对封赏没什么兴趣，他提出，应分长江以北地区为四镇：刘泽清辖淮海，驻于淮北，掌管山东一带军事。高杰辖徐州、泗州（安徽泗县），驻于泗州，经略山东、河南开州、归德地区的军事。刘良佐辖凤阳、寿州，驻于临淮（安徽凤阳东、淮河南岸），掌管河南陈州、杞县一带军事。黄得功据滁州、和州，驻于庐州（安徽合肥），掌管光州、固始地区的军事。各镇设额兵三万，所需额粮钱，由各镇自行征取。各辖区军民，州县各官均受本镇节制。设督师一人驻扬州，节制四镇。这四镇大都与大顺军所占地区接壤，设置的目的是想以四镇阻挡大顺军南下，并以此作中兴计。史可法说得很清楚：“国家设四藩于江北，非为江左偏安计也，将欲立定根基，养成气力，北则为恢复神京之计，西则为澄清关、陕之图，一举而遂归全盛耳。”
闹腾完了，这南明小朝廷好歹是有些稳定的气氛了。这朱由崧虽是酒囊饭袋，但人际关系方面倒是拎得清，会做人，会来事。马士英拥戴有功，自然得大赏。圣旨是这么写的：马士英保障东南，肤功更著，着加太子太保，荫一子锦衣卫指挥佥事世袭。
众大臣都知道，马士英从来就不是省油的灯，成事不足，败事有余，所以大家都希望他出外督师，而让史可法留在南京，主持大政。这马士英可是把权力看的比命都重的主儿，他怎么可能同意离开南京这个权力中枢呢？他对史可法假称：您的威名早已远扬，军士们对您是钦佩有加，您若是经营于外，而我居中，各尽其才，各尽其用，岂不更好。这等屁话，史可法当然听的出意思，作为一个忠臣，他无心玩权力斗争的把戏，他明白马士英是铁了心要留在南京，自己要是留下不走，虽马士英也不能把他怎样，但这军务大事就没人管了，这对朝廷是很不利的，他史可法是真真正正想为朝廷做事的人，离开南京这个是非地，也许反而能放手大干一场，所以他坦然地对马士英讲：“居者守，行者御，莫能偏废，敢辞难乎！”
第二天史可法就向朱由崧提出到扬州督师，南京士民听说史可法要出镇扬州，舆论一片哗然，惊呼：“为何夺我史公？”太学士陈方策等人上疏：“淮扬，门户也；京师，堂奥也。门户有人而堂奥无人，这能行吗？”这些浅显的道理，朱由崧不可能不知道，但他更看重的是自己肥屁股下的那把龙椅，他很清楚自己这个皇位是怎么得来的，他要坐稳这个位置必须要靠马士英，所以他坚拒了舆请，下达旨意：“辅臣可法，身系安危，朝廷鉴知已悉。”批准史可法去扬州督师，特加太子太保衔，令百官至郊外饯行。
朱由崧知道马士英虽然势力大，但目前在朝廷中还没有实力做到一手遮天，所以这位万岁爷，刚即位时还能做到夹着尾巴做人。即位一个多月来说话谦和，处事谨慎，待人平和，拘节守礼。在忠臣们的指引下，算是能选贤任能，部署好军事，判定施政措施，并宣布实行“国政二十五款”，一时间南明小朝廷竟颇有一些维新的气象。一些人甚至开始对“中兴”大业燃起希望。
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