吴三桂春风得意的时候，也是他和他父亲、舅舅、亲戚及诸多同事们的挂靠单位——“明朝有限公司”日落西山的时候。
天启七年（1627年），陕西澄城县的一帮农民兄弟因为吃不饱饭和朝廷玩起了武装游戏。它虽然如同一根小烟头一样不起眼，但却很不幸地点燃了“明朝有限公司”的危险品仓库，明末农民兄弟全国大造反的序幕拉开了。其实自打崇祯初年起，各地武装起义就没断过，农民军深入到中原各地区，主要活动在山西、陕西、河北、河南、四川、湖北等地。后来成为农民起义军主要领袖的李自成、张献忠等就是在这时候开始拉队伍扯大旗的，经过多年不断的战斗，他们的部队慢慢发展壮大起来。到了崇祯九年（1636年），各地的农民起义已到了不可收拾的地步，这时候的朝廷几乎是束手无策，各地官军也是疲于奔命。
内部出大乱子，外面也不让人省心。山海关外，满族建立起的政权，由努尔哈赤开创基业，到皇太极这一代，已变得很强大。皇太极于天聪十年（崇祯九年，1636年）四月在沈阳称帝，国号为“清”，他和他的兄弟子侄、文臣武将们野心勃勃地充满了对夺取全国政权的渴望。明朝此时只能凭借宁锦防线苦苦挣扎，勉强维持着关外的局面。
曾经在关外同清军多年浴血奋战的袁崇焕、熊廷弼、王化贞、孙承宗、杨镐、杜松、袁应泰、满桂、赵率教、毛文龙等一批将领统帅，不是早已战死疆场就是官场失意而遭排斥，还有更惨的则死于党争，成为政治斗争的牺牲品。这时关外只剩下祖氏、吴氏两大家族军阀，还始终坚守着。这两大家族之所以还没倒，不是因为运气，也不是因为皇帝的恩宠，而是因为他们的实力。
崇祯十二年（1638年）吴三桂二十七岁，被任命为宁远团练总兵。崇祯五年，他还只是个游击，而六年后，经游击升到参将，再到副将，最后由副将升到总兵，这个晋升速度，可以说是创造了明朝官场的记录。
自明清战争以来，宁远已成为明朝防御清兵的一大军事重镇，与锦州并重，是宁锦防线的重要一环。袁崇焕、孙承宗曾两次在此与清军大战并给清军以重创。袁崇焕冤死后，祖大寿继任守此，后又调到锦州驻防。吴三桂则在祖大寿之后，继续驻守宁远，这足以显示出朝廷对吴三桂的倚重。关外八城，以锦州、宁远两城最为重要。监军、巡抚、道台等官都在此城设衙办公，三桂以总兵官驻守于此，这也提高了他的政治地位。
吴三桂升任总兵要职，等于跻身于封疆大吏之列，这也为他以后事业的飞黄腾达奠定了政治基础。他能有如此地位，有两个方面的原因：一是自己的才能；二是家族方面的原因。他有一个好爸爸，还有一个好舅舅，自是不断能得到提携与栽培。再加上父亲吴襄深通官场之道，广交朝廷大员，编织起一张紧密的政治关系网，从而保证了他们父子仕途上的顺利。吴三桂这次之所以能升任总兵，就是由蓟辽总督洪承畴提名，辽东巡抚方一藻推荐，再经总监关宁两镇御马监太监高起潜同意，并由他向朝廷奏请，最后经崇祯皇帝批准的。
这三个人，地位很是显赫。方一藻为辽东地区最高行政长官，洪承畴为堂堂总督更是大权在握，而高起潜虽然说起来不是太好听，是宫中掌管御马的太监，但他却是由皇帝“钦命”，位列诸将帅之上的“监军”。他们都与吴家有着千丝万缕的关系。方一藻刚刚升任辽东巡抚时，三桂“拜其门下”，与其子方光琛“缔盟为忘形交”。洪承畴以兵部尚书衔出任蓟辽总督，吴三桂“又拜其门下”。洪氏幕僚谢四新博学，深得其信用。吴三桂与之“纳交最厚”。高起潜对于三桂来说，更是一个强有力的后台人物。明朝末期，宦官头子们往往深得皇帝的信任，凡为官为将的，如果得不到他们的支持，是很难在朝廷立足的。整个明朝军队，将领们的一言一行都处于“监军”严密监视之下，吴三桂拜高起潜为“义父”不可不谓是一次高明的政治投机。自己本身能力出众，再加上这些靠山，吴三桂的晋升自是板上钉钉的事。
吴三桂年纪轻轻就登上如此高位，这应该很让现代人感叹甚至是嫉妒，但其实吴三桂的好运也来源于明朝确实需要他这么一个人。
鉴于当时关外局势的严峻，曾任陕西三边总督，同李自成等农民军苦战十余年的洪承畴此时被派到这里。洪承畴虽日后降了清，当了铁杆汉奸，但这个人确实是有能力的，可以说是一员干吏。他一上任便明察暗访了解各将领的作战能力，更深入基层调查研究士卒的训练及备战情况。这一查让他惊出了一身冷汗，当时的这支边防军虽然个别部队还是有一定战斗力的，但总的来说情况不容乐观。而此时的清军是虎视眈眈，随时有可能发起进攻，留给明军的时间并不多，必须在极短的时间内加紧、加强训练及备战，弥补原来的种种不足，消除各种存在的隐患。
洪承畴是老江湖，深知练兵先选将的道理，而吴三桂正是此时被他看中并委以重任的。训练的重点被放在提高士卒的单兵作战能力，如劈杀格斗训练及熟练使用各种武器等，同时还有布阵及战术协同等合成科目的训练。担任练兵将领的人不仅需要通晓兵法，同时还要有实战经验。而吴三桂正是这样的人。
当时经朝廷批准，关外各部队分期抽出一部分人马在中后所及前屯卫两处进行轮训，训练事宜由吴三桂全权负责。吴三桂的部下董永显因胆勇超众，屡次建功而被提拔为参将以协助吴三桂。经过吴三桂的训练，士卒的战斗力明显提高，用了仅两年时间就训练出精兵三万余人。
在吴三桂升任总兵的第二年五月，明军与清军在今辽宁锦县杏山附近的夹马山打了一场遭遇战。当时在夹马山附近五里台居住的蒙古多罗特部民约有三十余家，六十余口人。他们因害怕明军的堵击而与清军秘密联系，请求清军前来接应保护。说来也巧，当时皇太极正在锦州一带视察，他命令郑亲王济尔哈朗、多罗贝勒多铎、多罗郡王阿达礼率他的近卫军约两千余人前去接应这些多罗特部民。这批清军为躲过明军的阻击，于十七日悄悄溜过锦州城，次日天还没亮便顺利到达五里台地区，后护送多罗特部民急速回返。不过他们运气不太好，黎明时分，被明军哨探发现，附近明朝驻军在辽东分练总兵刘肇基率领下出城截击。
当时准备截击的明军兵力约三千五百人左右，吴三桂在距此处十余里的松山附近驻防，一得到消息便出动三千人马赶来增援。同时锦州总兵祖大寿派游击戴明率步兵及骑兵七百余人也赶来会战。此时的明军在兵力上已占绝对优势。
清郑亲王济尔哈朗见己方兵力不占优势，为避免被动挨打而避开城下明军步兵，引诱其骑兵出战，将所部撤退到离城九里的夹马山，摆好阵形等明军杀来。明骑兵很快便赶到，明军百余骑兵首先杀出阵来，济尔哈朗指挥还击。紧接着，济尔哈朗亲自率众将冲入阵中与明军做殊死搏杀。皇太极的近卫军皆不是吃素的，骁勇异常，更有济尔哈朗、多铎、阿达礼等皇亲国戚身先士卒，其士气之高昂，战斗力之强不可让人小视。此时明军虽也是奋力冲杀，但终究未能抵挡住对方的凶猛进攻。更糟糕的是清兵以吴三桂为目标，竟将他包围起来，吴三桂率部拼命冲杀，却始终无法突围，还好在关键时刻刘肇基及时援救，才使他脱离险境。
明军且战且退，一直退到杏山城下，清军怕中埋伏，不敢恋战，遂回撤。明兵先前已吃了些亏，亦不敢追击。此战明军伤亡约千人左右，参将李得位，副将杨伦、周延州被清军俘虏，当场被砍了脑袋拿回去请功。好在此役清军伤亡不比明军少，明军这一仗算是打了个平手，值得一提的是此次与明军交手的是清军精锐中的精锐——皇帝的近卫军，参考明清多年的交战史，这次打成这样明军也算不错了。
这一年的七月间，皇太极又对锦州这座军事重镇产生了浓厚的兴趣。早在三月，他便派遣济尔哈朗与多铎为左右翼主帅，率部进驻锦州北约九十里处的义州，为夺取锦州做好准备。他们一面筑城，一面屯种，与此同时，不断派兵骚扰锦州地区。这次清军的行动引起了朝廷的高度重视，急令各督抚做好备战准备工作。辽东巡抚与吴三桂、祖大寿、刘肇基等人商议对策，蓟辽总督洪承畴提出对付清兵不能一味防守，要守攻兼顾，才能守得住。战也不能一味猛打猛杀，应采取多种作战方式，如奇袭、伏击等，才能见效。这一方针，成为此次明军作战的主导思想。
在这一方针指引下，明军一反常态地开始对清兵主动出击，展开多种形式的进攻。七月八日夜，吴三桂指挥步、骑兵约五百余人奇袭锦州附近的清镶蓝旗营地。清贝子罗托等人仓促率兵出战，双方在夜色中展开一场厮杀。吴三桂的作战意图很明确，就是对清军进行骚扰。将大批清军引出后，吴三桂便引兵撤退。清军一时摸不清明军的底细，怕中埋伏，不敢追赶。据史料考证，此次战斗明军仅阵亡八人，作战时间也很短。却迫使清军移营，吴三桂用极小的代价达到了他的目的。
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