就这样子，除了在最北的北方还残留有北元之外，其他的地方则是统一的状态，而朱元璋也开始了他对国内的经营。首先为了要让权力集中于皇帝一身，因此就随着制度整饬的展开，而同时进行了几次的大肃清，像是胡惟庸之狱、蓝玉之狱等相继发生。所谓的狱，指的就是肃清这件事，而胡惟庸和蓝玉，原本都是朱元璋的重臣。
朱元璋这个人，虽然说是统一天下的英雄，然而要说到他杀的人，其实在历史上也是数一数二的。怎么说呢，他光是在胡惟庸之狱和蓝玉之狱就杀了五万人。总之，稍微有点才能的文官、武官，还有其家族，合起来共有五万余人被杀，史上称为“胡蓝之狱”。
这时的常遇春，早已在三十多岁时因病去逝。而徐达也同样遭到怀疑——徐达这个人喜欢吃鹅肉，朱元璋还曾把鹅肉当做探病时的礼物，然而这鹅肉却有毒，因此就留下了一则即使明知这可能是朱元璋所下的毒，徐达但却依然流着眼泪将鹅肉吃下的故事。此外，他的侄子李文忠也是个文武兼备的名将，他曾对朱元璋提出不要再继续杀人的忠告，只是没想到第二天这个人就突然暴毙了。
在之前也曾经提到过的，由清朝赵翼所写的《二十二史札记》之中，有着“盖明祖一人圣贤、豪杰、盗贼兼而有之”的评价，说明朱元璋似乎有着多重的人格，以一介平民的眼中来看，感觉实在是不太好。
朱元璋这个人对农民十分地照顾，然而对知识分子似乎却异常地憎恶。当时有个著名的诗人名叫高青邱，他因为说了朱元璋的坏话而被杀死，和后来中共的文化大革命没什么不同。总之，应该要支撑朝廷的五万人就在短短的时间之内都被杀了，这样的残忍霸道将遗留到千古之后。汉高祖刘邦虽然也曾肃清，可是和朱元璋比起来实在是不算什么。
再说另一件事情，洪武帝的长男，也就是皇太子，因为早死的缘故，到了最后要决定继承人的时刻，至于候补的人一共有两个，一个是皇太子的孩子，也就是朱元璋的孙子。另一人则是朱元璋的四男朱棣，他被封为燕王，非常地武勇，一直在北京——当时明的首都乃是南京——担任北方防卫军司令官的职务。他不光是皇帝的儿子而已，同时他也继承了父亲的军事才能于一身，曾数度与蒙古军作战皆获胜利。也因为如此，在建国之后没有多久，就有让燕王这般具有实力的人来当皇帝为佳的意见出现，只不过依据礼教的顺序，还有嫡孙这一点来看，才有把帝位交给孙子的看法。
朱元璋对这一点也十分烦恼，在听取了他人的不同意见后，最后决定将孙子立为皇太孙，而决定让其继承。只是，孙子毕竟还是个小孩子，而朱元璋这个人又生性多疑，简直到了一种病态的地步，最后就把将来可能会对其孙子的帝位造成威胁的人通通都给杀了。之后，就有了朱元璋将五万余人杀掉，然后让自己一族立于其上的说法。就在把人几乎都赶尽杀绝后，朱元璋去世了，而皇太孙就登上帝位，称为建文帝。
以下是幸田露伴的《运命》，以及中国的《女仙外史》之中所描画之故事的世界。
建文帝虽然好不容易才登上帝位，然而事情并没有这么容易解决。洪武帝有许多的孩子一一在各地封侯，他们都各具势力，而最大的势力还是燕王。因此侧近就对建文帝说，只要这诸方之王——从建文帝看来，这些人都是他的叔父——还存在一天，建文帝就不能安心。而如果不将燕王的势力击溃的话，总有一天他会起可谋反，所以最后一定是要将燕王打倒才行。只是虽说如此，刚开始要向他下手总是有困难，因此就必须先从其他人开始着手。建文帝便依次以各诸候态度不好、或是有谋反意图等等（其实这也只是借口而已）用各种的名目将他们逼死，或是把他们的领地给收回。
在燕王的眼中看来，当然也知道其最终的目的就在于自己，于是就以无法忍受自己被诬赖谋反为由，而造成后来无法两立的状况，也就是如果不将建文帝打倒，自己就无法生存下去。
在此出场的乃是第八十三位的姚广孝，他的法号为道衍，也就是说，这个人是和尚。不过，他的父亲则听说是一名医生。总之，他在礼佛的过程中，同时也学习了阴阳术与诗文，是一个相当有名的和尚。因此他也跟着燕王来到了北京，虽然寄身于北京的寺庙之中，但却常接受燕王的咨询，而成了燕王的政治顾问。当然，这个和尚也不是一个普通人，最后劝燕王与其坐以待毙，还不如干脆起兵的就是他。
这时朝廷为了监视燕王，就派了一个将军过来，说如果燕王的样子有异的话，就直接将他捉起来杀掉。而燕王则以生了重病而求代遗言的理由把这名将军给找来，然后就把他给杀了，之后随即举兵。虽说是举兵，然当时燕王的兵力其实只有少数的亲卫队八百余人而已，让人有着他不知何以争取天下的感觉。
就在举兵之时，刮起了一阵暴风，把燕王宅邸屋顶的砖瓦吹落了一片，摔碎在地上。就当大家都认为是凶兆而脸色大变时，只有姚广孝一个人说是吉兆。他说：“像这样便宜的瓦片摔碎了，就是老天鼓励我们，要让我们以黄色的瓦——也就是只有皇帝才能够使用的东西采取代的证明。”让众人精神为之一振。
燕王的举兵虽然让朝廷为之一惊，然而其实早就心里有数，所以也准备好了五十万大军来应付。因此就成了五十万对八百之争，一开始根本就无从谈论胜负。当然，燕王也努力地在各处征集兵员，特别是他的弟弟宁王这个人，由于也是负责防卫北方之故，因此手中有不少军队。由于燕王和宁王感情颇佳，所以在借用了宁王一半的军力之后，便开始了南下之举。
这个宁王乃是一个对文化颇有研究的人，虽然个性有点古怪，但他却对中国的戏剧有不少研究，甚至还曾经自己写过戏剧的脚本。他关于戏剧的研究书籍也成了相当重要的文献。
在此发起的这场内战，叫做靖难之役，也是这场连续政变的总称。
这时负责指挥朝廷五十万大军的是一个叫做李景隆的人，他乃是六王之一李文忠的儿子，然都是个才能远不及于父亲的平庸之人。在幸田露伴的《运命》一书中，虽对李文忠赞誉有加，但也说到他的儿子实在不行。总之，是个没有决断力的人，总是让对方有机可趁，最后造成全军覆没。只是朝廷的后台毕竟比较硬，还是能够依次地送上大军，实际上燕王也曾有一度差点丧命。当他被敌人追赶时，周围连一个人都没有，于是燕王也只有在大军快要逼近的时候故意使出险招，他策马跑上一座小山丘，故意举起马鞭，做出向山丘的另一边呼叫己方的动作，朝廷的军队见了他的举动反而不敢靠近。像这样危险的场面听说还不只一次，连燕王的锁甲上都还留有不少被敌将的长枪所刺伤的痕迹。
这时发生了一个很讽刺的现象，那就是朝廷的兵员虽多，然而却没有一个可以统括全军的将军。这样的人才本来应该有的，只是全都被朱元璋给杀了，即使有可以担当部队长的人，但能够担当大将军一职的人就几乎完全找不出来了。因此一次次的战斗下来，燕王的支持者愈来愈多，而朝廷中的背叛者也陆续出现，最后南京——这时并不叫做南京，而是称为应天府，总之就是现在的南京就对了——终于被攻陷了，而建文帝也失去了踪影，消失在战火之中。后来除了有建文帝死于当场的说法之外，也有其实他当时还活着，只是化身为僧侣逃脱的说法，这个说法被当成小说的题材，也就是日本幸田露伴所写的《运命》。
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